Lokal agresif iğsi hücreli tümörlerde, tedavi hedefi olan NTRK mutasyonlarının dağılımının patogenez ile ilişkisinin araştırılması

NTRK gen füzyonları, sık karşılaşılan tümörlerde nadir görülen ancak, tedavi hedefi olan genomik değişikliklerdir. NTRK füzyonarını hedefleyen tirozin kinaz inhibitörleri FDA'nın onay verdiği ikinci tümör ve doku agnostik ilaç olamsı bakımından büyük önem taşımaktadır. Güncel literatürde NTRK füzyonarının farklı tümör gruplarında hangi yöntem ve hangi algoritmayı kullanarak araştırılması gerektiği en büyük sorunu oluşturmakta ve halen güncel olarak tartışılmaktadır. Bu tez çalışmasında, yumuşak dokunun lokal agresif iğsi hücreli tümörleri grubuna dahil olan 17 Dermatofibrosaroma protuberans (DFSP), 30 Soliter fibröz tümör (SFT) ve 29 İnflamatuar myofibroblastik tümör (İMT) vakasında NTRK gen füzyonu varlığı araştırılmıştır. Bu araştırma için literatürde kullanılan immünhistokimya (IHK), floresan insitu hibridizasyon (FISH) ve hedeflenmiş RNA dizileme (RNA-Seq) yöntemleri kullanılmıştır. Ayrıca literatürden faklı olarak kantitiatif revers transkritaz polimeraz zincir reasksiyonu (qRT-PCR) analizinde 3'5' imbalance analizi ile füzyon tespiti yapılıp yapılamayacağı irdelenmiştir. Sayılan bu dört yöntem içerisinden en ideal yöntemin ne olacağı belirlenmeye çalışılmıştır. Her dört yöntemin birlikte değerlendirmesinde 17 DFSP vakası içerisinde fibrosarkomatöz transformasyon gösteren 1 (%5,8) vakada, santral sinir sistemi yerleşimli 9 SFT vakasının 2'sinde (%22,2) ve 29 İMT vakasının 1'inde (%3,4) NTRK gen füzyonu tespit edilirken, periferik yerleşimli 21 SFT vakasının hiçbirinde NTRK gen füzyonu izlenmemiştir. Yöntemlerin birbirleri ile kıyaslanması sonucunda NTRK gen füzyonunun eski arşiv materyalnden incelenmesi durumunda en ideal yöntemin FISH analizi olduğu, RNA tabanlı olan NGS yönteminin negatif prediktif değerlerinin düşük olması nedeni ile çok ideal bir yöntem olmadığı sonucuna varılmıştır. İmbalance analizinin son 2 yıllık arşiv materyalinde daha sağlıklı sonuçlar verdiği görülmüş, primer sayısı arttırılarak geliştirilebilmesi halinde NTRK gen füzyonu saptamada alternatif bir yöntem olarak kullanılabileceği düşünülmüştür.