Unmasking of epigenetically silenced genes and identification of transgelin as a potential methylation biomarker in breast cancer

Tümör baskılayıcı genler (TBG), kanserde sıklıkla DNA hipermetillenmesi ve histon asetil modifikasyonlarının kaldırılması gibi epigenetic mekanizmalar ile baskılanmaktadır. 5-aza-2'-deoksisitidin (AZA) ve Trikostatin A (TSA), DNA metillenmesini ve histon deasetilaz aktivitesini engelleyen, anti-kanser amaçlı kullanılan ilaçlardır. Bu çalışmada, meme kanserinde epigenetik olarak baskılanan aday TBG'leri tanımlamak için, iki meme kanseri ve bir normal meme hücre hattı, AZA ve/veya TSA, ve DMSO (kontrol) ile muamele edilip, mikrodizin analizleri ile epigenetik mekanizmalardan etkilenen genler ve yolaklar açığa çıkarılmıştır. 32 aday genin incelenmesi sonucu Transgelin (TAGLN) geni meme kanseri hücrelerinde, ve normal eşlerine göre tümörlerin %61.9'unda bisülfit sekanslama yöntemi ile; mikrodizin veri analiz yöntemi ile ise meme tümörlerinin %63.02'sinde metillenme ile baskılanan aday bir TBG olarak öne çıkmıştır. Hastaların yüksek sağkalım oranlarının düşük TAGLN metillenme skorları ile ilişkili olduğu, ve TAGLN metillenme değerlerinin, tümör dokularını %83.14 hassaslık ve %100 özgünlük değerleri ile tespit edebildiği gösterilmiştir. qRT-PCR ve immün-histokimya analizleri TAGLN ifadesinin, meme kanseri hücre hatlarında, ve normal meme dokusuyla kıyaslandığında birbirinden bağımsız üç meme tümörü panelinde anlamlı olarak düşük ifade edildiğini göstermiştir. Ayrıca TAGLN gen ifadesinin iyi prognoz faktörleri ile ilişkili olduğu anlaşılmıştır. Meme kanseri hücrelerindeki işlevsel çalışmalar, transgelinin hücrelerin proliferasyon yeteneğini negatif etkilediğini göstermiş olup, epitel-mezenkimal dönüşüm (EMD) belirteçleri ile yapılan analizler ise TAGLN'in meme kanserinde EMD ile ilişkili olabileceğine işaret etmektedir. Kısaca, TAGLN geninin meme kanserinde promotör DNA metillenmesi ile susturulması, kanser hücrelerine büyüme avantajı sağlarken, aynı zamanda meme kanseri tanı ve prognozu için de iyi bir biyo-belirteç olmasını mümkün kılmaktadır.