Belirli biyotik ve abiyotik streslerle ilişkili şeker pancarı (Beta vulgaris L.) RNA-Seq verilerinin meta analizi

Şeker pancarı (Beta vulgaris) dünya şeker üretiminin %30'unu karşılamaktadır. Üretim alanlarındaki toprak kirliliği, biyotik ve abiyotik faktörler, ürün miktarını ve kalitesini büyük ölçüde düşürür. Bu stres koşulları kuraklık, tuz, ısı, ışık, nematod, bakteri ve mantar enfeksiyonlarıdır. Şeker pancarı, biyotik ve abiyotik streslere farklı tepkiler verir. Beta vulgaris'in strese tepkisini moleküler düzeyde anlamak, mahsulde hem verimi hem de kaliteyi artırmaya yardımcı olabilir. Stres koşulları altında yapılan transkriptom çalışmaları, bitkilerin moleküler düzeydeki tepkilerine ışık tutabilir. Bu çalışmada dört farklı stres durumu verisi kullanılmıştır. Bunlardan ikisi biyotik stresler (nematod ve mantar enfeksiyonu), ikisi abiyotik streslerdir (ABA tedavisi ve tuz stresi). Meta-analiz, farklı stres koşulları altında ortak tepkiler bulmaya yardımcı olabilir. Bu çalışmada, biyotik ve abiyotik stres koşulları altında yürütülen çalışmaların meta-analizini gerçekleştirdik ve hem biyotik hem de abiyotik stres koşullarında farklı şekilde ifade edilen on geni ortaya çıkardık. Biyotik streslerin 460 ortak geni ve abiyotik streslerin 1031 stresle ilgili geni vardır. Fenofitinazın aşağı regülasyonu ve mannitol dehidrojenazın yukarı regülasyonu, artan fotosentez hızının göstergesi olabilir. Bununla birlikte, genlerin tanımlanması ve B. vulgaris stres yanıtının tüm mekanizmasının anlaşılması için daha ileri çalışmalara ihtiyaç vardır.