Evaluation of microrna sequence composition and expression

ÖZETMIKRORNA'LARIN DİZİ BİLEŞENLERİ VE İFADEDÜZEYLERİNİN ARAŞTIRILMASIKoray Doğan KayaM.S. in Molecular Biology and GeneticsTez Danışmanları: Yard. Doç. Dr. Özlen Konu, Yard. Doç. Dr. M. Cengiz YakıcıerAğustos 2005, 70 sayfaMikroRNA'lar, mesajcı RNA'ların 3' ucunda yer alan protein kodlamayanbölgelere (3'UTR) baz tamamlama ile bağlanan yaklaşık 22 nükleotid uzunluğundakiribonükleik asitlerdir. miRNA'lar embriyonik gelişim, hücre bölünmesi ve apoptozgibi birçok hücresel olayda önemli rol oynarlar. Daha önceki biyoenformatikçalışmalar, mikroRNA'ların ve hedef mesajcı RNA'ların tahmini ve ifade kontrolleriüzerinde yoğunlaşmıştır. Bu çalışmada ise, olgun ve öncül mikroRNA'ların ikili veüçlü baz kompozisyonları değerlendirildi. Ek olarak, bir randomizasyon yaklaşımıkullanılarak ikili baz komposizyonundaki sapmaların istatistiksel onemi dearaştırıldı. Memeli genomuna ait özgün bir karakter olan CpG motif nadirliğininmiRNA sekanslarınında belirgin bir özelliği olduğu ortaya çıkarıldı. Aynı zamanda,yayımlanmış insan ve fare mikroarray verilerine dayanarak, beyin haricindekidokularda, bir veya birden fazla CpG motifi içeren miRNA'ların bu motifiiçermeyenlerden daha az miktarda ifade edildiği de gösterildi. miRNA'ların CpGkullanımı ve ortalama ifade düzeyleri arasındaki negatif korelasyonun neden vesonuçları memeli bağışıklık ve metilasyon mekanizmaları açılarından tartışıldı.mikroRNA, mikrodizilim, biyoenformatik, CpGAnahtar Sözcükler:dinükleotid, randomizasyon