hsa-miR-497 as a modulator of the expression in the presence or absence of CHRNA5 in breast cancer

CHRNA5 bağımlılık ve kanserde rol oynayan önemli bir kimyasal kapılı iyon kanalıdır. Akciğer kanserinde bozulmaya uğradığı bilinen CHRNA5, meme kanserlerinde de ifade profile olan bir gendir. mikroRNAlar mRNA ifadesinde düzenleyici görevdedir, değişik mikroRNAlar değişik kanser tiplerinde düzenleyici görev alırlar. mikroRNAlar potansiyel biyo-belirteç görevi görerek kanser gibi hastalıkların teşhisinde kullanılırlar. Fakat meme kanserinde CHRNA5 ve onu hedefleyen mikroRNAlarla ilgili çalışma bulunmamaktadır. Bu çalışmada, mir-497, siRNA CHRNA5 uygulanmış MCF7 hücrelerinde, en çok azalan ve test edilebilir ifade düzeyine sahip bir mikroRNA olarak saptanmıştır. Ters transkriptaz polimeraz zincir reaksiyonu gerçekleştirilmiş ve mir-497 ifadesi görülmüştür. MCF7 meme kanseri hücre hattında CHRNA5 susturulunca azalan ifadesiyle mir-497, meme kanserinde CHRNA5 bağlantılı önemli bir molekül olmaya adaydır. Kanıtlanmış mir-497 hedef genleri incelendiğinde, KEGG yolaklarının bu hedef genlerle belirgin bir seviyede (p < 0.001) ilgili olduğu görülmüştür. P53 and PI3K-Akt sinyal yolağı bunlardan ikisidir. MCF7 hücrelerine mimik-mir-497 (tek başına veya siRNA CHRNA5 ile birlikte) uygulaması sonuçlarına dayanarak meme kanserinde mir-497 ve CHRNA5 arasındaki bağlantı incelenmiştir. Mir-497 hedef genleri deneyleri sonucu en çok belirgin bir değişim gösteren geneler P53 yolağında bulunmaktadır. Sonuçlar mir-497 ve CHRNA5 arasondaki ilişkiyi gösterse de seçilen hedef genler mimik-mir-497'den etkilenmemektedir. GSE41074 ve GSE41079'da mimik-mir-497 HCC hücresine uygulanan mimic-mir-497 ile değişen mikroRNA ve mRNA profilleri bulunmaktadır. Devam eden çalışmalarda kullanılmak üzere mir-497 için daha önce çalışılmayan hedef genler belirlenmiştir. Analizleri sonrası ifadesi artan genler araştırıldığında bağışıklık sistemi REACTOME tarafından öne çıkarılmıştır. Çeşitli mRNA-mikroRNA odaklı harita oluşturma aracı kullanılarak tüm genler için ve sadece bağışıklık sistemi genleri için haritalar çıkartılmıştır. Bu haritalar sayesinde devam deneylerinde test edilebilecek aday moleküller elde edilmiştir.