NDM-1 karbapenemaz üreten klinik Klebsiella pneumoniae izolatlarında antibiyotik direncinin ve virülans genlerin karakterizasyonu

Klebsiella pneumoniae, sağlık hizmeti ile ilişkili enfeksiyonlarda en önemli patojenlerden biridir. Karbapenemler genellikle Genişletilmiş spektrumlu β-laktamazlar (GSBL) üreten K. pneumoniae'lerin neden olduğu enfeksiyonları tedavi etmek için kullanılır. Ancak, yüksek ölüm oranlarıyla ilişkilendirilen karbapenem dirençli K. pneumoniae'nin (KDKp) prevalansı son yıllarda artmaktadır. Bu durum dünya çapında önemli bir halk sağlığı sorunu haline gelmiştir. Son zamanlarda, durumu daha da karmaşık hale getiren birkaç hipervirülant ve karbapenemaz üreten izolatlar rapor edilmiştir. Direnç ve virülans mekanizmalarını daha iyi anlamak ve dolayısıyla çoklu ilaca dirençli K. pneumoniae'nin neden olduğu enfeksiyonlara yönelik etkili tedavi stratejileri geliştirmek için daha kapsamlı genomik ve fenotipik verilere ihtiyaç vardır. Gerçekleştirdiğimiz bu tez çalışmasında; çeşitli klinik örneklerden izole edilen ve Vitek-2 otomatize sistem ile tanımlanan 108 KDKp izolatı Kırşehir Ahi Evran Üniversitesi Eğitim ve Araştırma Hastanesi, Mikrobiyoloji Laboratuvarı stoklarından temin edildi. Karbapenem dirençli 108 izolatın 53'ünün blaNDM-1 direnç genine sahip olduğu belirlendi ve bu izolatlar çalışmaya dahil edildi. KDKp izolatlarının GSBL (blaTEM, blaSHV, blaCTX-M1, blaCTX-M2, blaOXA-1, blaPER-1, blaGES, blaVEB), karbapenemaz (blaVIM, blaIMP, blaNDM-1, blaKPC, blaOXA-48), plazmit aracılı florokinolon direnç genleri (qnrA, qnrB, qnrS, aac(6')-ıb-cr) ve Sınıf-1 integron içeriği spesifik primerler kullanılarak PZR yardımı ile belirlendi. KDKp izolatlarının hipermukoviskoz özellikleri string testi ile, virülans gen taşıyıcılığı (rmpA, magA, wcaG, uge, wabG, ycfM, fimH, mrkD, kpn, allS, ureA, entB, fepA, iroD, iroN, ybtA, fyuA, iutA, kfuBC, cnf-1) multipleks ve simpleks PZR yardımı ile belirlendi. pLVPK-türevi lokuslarının (iutA, rmpA, iroN) varlığını hipervirülant izolatların belirlenmesinde kullanıldı. KDKp izolatlarının K-antijen tiplendirmesi wzi gen sekansları kullanılarak tespit edildi. İzolatlar arasındaki genetik akrabalık rep-PZR ile belirlenirken, epidemiyolojik olarak klonal benzerlikleri MLST analizi ile belirlendi. Gerçekleştirilen bu tez çalışması sonucunda KDKp izolatlarının tümünün blaCTX-M1 ve aac-6'-Ib-cr genlerini taşıdğı tespit edildi. Bunu sırasıyla % 92.45 ile blaTEM, % 90.56 ile qnrS, % 88.67 ile blaSHV ve blaOXA-1, % 71.69 ile blaOXA-48, % 20 ile blaCTX-M2, % 9.43 ile qnrB ve % 4 ile blaVEB takip etmektedir. Gerçekleştirilen çalışmada hiçbir izolatda qnrA, blaPER-1, blaGES, blaVIM, blaIMP, ve blaKPC genleri tespit edilemedi. Sınıf-1 integron içerikleri incelendiğinde izolatların % 77.35'i In27 (dfrA12–orfF–aadA2) olarak sınıflandırıldı. KDKp izolatlarının % 63.37'si pLVPK-türevi lokusları (iutA, rmpA, iroN) beraber içerdiğinden hipervirülant olarak değerlendirildi. Gerçekleştirilen string test sonucunda izolatların % 9.43'ünün hipermukoviskoz fenotipe sahip olduğu tespit edildi. Aynı zamanda KDKp izolatlarında en yaygın K-antijen tipi % 84.90 oranı ile wzi64 olarak tespit edildi. MLST analizleri sonucunda KDKp izolatları arasında en yaygın ST tipi 53 izolatın 38'inde (% 71.69) belirlenen ST2096 tipidir. Bu çalışma, K. pneumoniae izolatlarında karbapenem direncinin, virülans faktörlerinin, K-antijen tipinin ve epidemiyolojik olarak izolatların klonal benzerliklerinin bir arada araştırıldığı detaylı bir çalışmadır. Gerçekleştirilen bu tez çalışması hem karbapenem dirençli enfeksiyonların yayılmasını önlemek hem de etkili tedaviler geliştirmeyi planlamak açısından önemlidir.