Molecular biology
90 theses under this subject heading
Analysis of intra-tumoral heterogeneity in context of tissue specific gene expression with computational approach
Identification of tissue-specific genes is essential for understanding molecular mechanisms. Intra-tumoral heterogeneity as diversity among cells and layers of tissues in only one single tumor limits therapeutic efficacy. Tumor heterogeneity is an important challenge for successful personalized medicine. We aimed to identify tissue-specific genes rigorously for examining intersection between differentially expressed genes (DEG) and tissue specific genes, analyzing cancer gene expressions in terms of tissue specificity, demonstration and interpretation of intra-tumoral heterogeneity, revealing specific molecular targets for tumors and elucidating roles of tissue-specific genes in biological processes. Gene expression, derived from five RNA-Sequencing projects, spanning 96 human tissues were used. Detection of tissue-specific genes not only included tau, but also required integrating of tau and statistical distance. This new method is defined as "extended tau". We investigated intersection of 16 different cancer DEG with specifically expressed genes in corresponding tissue. After that, gene expression data for 11 primary solid tumors, retrieved from The Cancer Genome Atlas (TCGA), were analyzed by integrating our tissue specificity findings. Significant genes obtained after all calculations were functionally annotated for identifying their roles. Consequently, we successfully assigned genes to multiple tissues by extended tau. Then discovered that DEG in a cancer tissue has low overlap with genes specific to that tissue. Most importantly, we identified candidate biomarkers for heterogeneity exhibiting gene expression in cancer tissue although its expression is restricted to unrelated tissue. The genes identified in our study were already shown in literature to be associated with tumor heterogeneity or genetic instability of cancer cells for various cancers. Our results are likely to contribute to the road paved by many researchers trying to understand cancer for many years by bringing the tissue-specific genes into the scene.
Bronkopulmoner displazi ile ilişkilendirilen belirli genlerdeki polimorfizmlerin Türk populasyonu üzerinde incelenmesi
Bronkopulmoner displazi (BPD), preterm infantlarda en sık görülen kronik akciğer hastalıklarından biridir. Merkezlerin kronik akciğer hastalığı ve BPD tanımlarının farklılıklarından dolayı BPD insidansı da merkezlere göre değişkenlik gösterse de çoğu Avrupa ülkesine göre, hamileliğin 30. haftasından önce doğan preterm infantların %30'undan fazlasına BPD teşhisi konmaktadır. BPD geliştirme eğilimi olan preterm infantlar, akciğer gelişiminin geç kanaliküler veya erken sakküler evresinde doğarlar ve sonuçta alveol sayıları matür bebeklere göre daha az olur. Günümüzde enflamasyon ve özellikle prematürite ile birlikte alveol gelişimindeki duraklama, sürfaktan eksikliği ve göğüs duvarının olgunlaşmaması BPD'nin en önemli etiyolojik faktörleri olarak görülmektedirler. BPD, genetik ve çevresel faktörlerin (hiperoksi, invazif mekanik ventilasyon ve sepsis) karşılıklı etkileşimi sonucunda meydana gelmektedir. Literatürde BPD riskine etki eden genetik faktörler ikiz çalışmaları, ailesel birikim, genom çapında ilişkilendirme çalışmaları (genome wide association studies, GWAS) ve hedef genlerde tek nükleotid polimorfizmleri (single nucleotide polymorphism, SNP) gibi farklı yaklaşımlar ile araştırılmaktadır. Bu tez çalışmasında, dünyada farklı populasyonlar üzerinde yapılmış çalışmalarda bronkopulmoner displazi (BPD) ile ilişkilendirilmiş bazı SNP'ler seçilerek, Türk populasyonunda da bu SNP allel ve genotip frekanslarının görülüp görülmediğinin multipleks reaksiyonlar ve MALDI-TOF kütle spektrometrisi yöntemi ile belirlenmiştir. Elde edilen veriler ayrıca hastaların klinik ve demografik bilgileri ile de karşılaştırılarak anlamlı bir ilişki kurulmaya çalışılmış ve BPD'nin Türk toplumuna özgü genetik tabanının anlaşılabilmesine katkıda bulunulması amaçlanmıştır. 96'sı BPD hastası, toplam 192 prematüre infanttan toplanan kan örneklerinden genotiplenen 45 SNP bölgesi arasından rs11003125, rs2233406, rs3138053, rs55716084 ve rs62468577 polimorfizmlerinin allel düzeyinde; rs4883955, rs833061 ve rs9953270 polimorfizmlerinin ise hem allel hem de genotip düzeyinde Türk populasyonunda BPD insidansı ile istatistiksel olarak anlamlı bir ilişki içerisinde olduğu saptanmıştır. Bununla birlikte hastalardan toplanan klinik ve demografik verilerin araştırılan SNP'ler ile olan ilişkileri incelendiğinde ise pek çok polimorfizmin ailede görülen kronik akciğer, zatürre, BPD, RDS ve sigara kullanımı öyküsü ile anlamlı bir ilişki içerisinde olduğu bulunmuştur. Sonuç olarak bu tez çalışması ile toplumumuz için ilk kez BPD hastalığının genetik altyapısının araştırılması amacıyla çoklu polimorfizm bölgeleri yüksek doğruluk ile genotiplenerek BPD insidansı ile ilişkileri ortaya konmuştur.
Türkiye'de dağılım gösteren Pipistrellus kaup, 1829 (Chiroptera: vespertilionidae) türlerinin moleküler filogenisi
Yarasa türlerinin sistematiği, morfolojik benzerlikler ve kriptik tür komplekslerinin varlığı nedeniyle taksonomik açıdan önemli belirsizlikler barındırmaktadır. Bu kapsamda, moleküler biyoloji temelli yaklaşımlar, klasik morfolojik tanımlamaların ötesine geçerek tür içi ve türler arası ilişkilerin daha sağlıklı anlaşılmasına olanak tanımaktadır. Özellikle Sitokrom b (Cytb) gibi mitokondriyal belirteçlerin kullanıldığı çalışmalar, Pipistrellus cinsine ait türlerin genetik çeşitliliğini ve filogenetik yapılarını ortaya koymada önemli katkılar sağlamıştır. Bu tez çalışmasında, Türkiye'de yayılış gösteren dört Pipistrellus türü (P. pipistrellus, P. pygmaeus, P. kuhlii ve P. nathusii) incelenmiş; türlerin mitokondriyal Cytb gen bölgesi dizilerine dayalı olarak moleküler filogenetik analizleri gerçekleştirilmiştir. Türkiye'nin farklı coğrafi bölgelerinden toplanan örneklerden DNA izolasyonu yapılmış, PCR amplifikasyonu ve dizileme sonrası filogenetik analizler gerçekleştirilmiştir. Ayrıca, türlerin Türkiye'deki yayılış desenleri değerlendirilmiş, kladlar arası ve klad içi genetik farklılıklar istatistiksel olarak analiz edilmiştir. Analizler sonucunda, P. pipistrellus bireylerinin üç ana klada ayrıldığı ve bazı lokalitelerde doğu ve batı kladlarının birlikte bulunduğu tespit edilmiştir. P. kuhlii bireylerinde ise P. k. lepidus ve P. k. kuhlii alt tür gruplarına ait genetik izler belirlenmiş ve Türkiye'nin bu soy hatları arasında bir geçiş alanı olduğu gösterilmiştir. P. nathusii için Trakya ve Karadeniz Bölgeleri'nde Avrupa kökenli soy hatlarıyla benzerlik gösteren bireyler gözlenmiştir. P. pygmaeus olarak tanımlanan bazı bireylerin moleküler olarak P. pipistrellus ile eşleşmesi, morfolojik tanımlamaların sınırlılığını ortaya koymuştur. Sonuçlar, Türkiye'nin yalnızca bir yayılış alanı değil, aynı zamanda filogenetik çeşitliliğin yoğunlaştığı ve evrimsel süreçlerin aktif olduğu bir bölge olduğunu ortaya koymaktadır.
Oksalat dekarboksilaz enziminin rekombinant DNA teknolojisi ile üretimi ve karakterizasyonu
Oksalat taşları üriner sistemde biriken kalsiyum ve oksalik asidin oluşturduğu yapılardır. Oksalat taşları ileri zamanlarda böbrek taşı oluşturur ve erken tanısı için idrar oksalat seviyelerinin ölçülmesi önemlidir. Ülkemizde ve dünyada oksalat seviyeleri oksalat oksidaz ve oksalat dekarboksilaz olmak üzere iki farklı yöntem ile ölçülmektedir. Oksalat oksidaz yönteminde Oksalattan H2O2 ve CO2 açığa çıkarken, Oksalat dekarboksilaz yönteminde reaksiyon sonunda oluşan format'ın format dehidrogenaz enzimiyle parçalandığında açığa çıkan NADH+'nın spektrofotometrik yöntemle ölçülmesiyle oksalat miktarı tayin edilebilmektedir. Bu çalışmada, oksalat dekarboksilaz enziminin rekombinant DNA teknolojisi ile üretimi hedeflenmiştir. Böylece elde edilen rekombinant oksalat dekarboksilaz enzimi ticari olarak satılan format dehidrogenaz enzimi ile birlikte kullanılarak oksalat tayininde kullanılacak bir ölçüm metodunun geliştirilmesi hedeflenmiştir. Bunun için Basillus subtilis M168 suşundan elde edilen yvrK geni pET SUMO TA Cloning® vektör sistemi ile One Shot® Mach1™-T1R Escherichia coli ve BL21(DE3) One Shot® Escherichia coli mikroorganizmalarına aktarılarak klonlama ve protein ifadesi işlemleri yapılmıştır. Böylelikle elde edilen 6xHis-SUMO-yvrK füzyon proteini başarılı bir şekilde üretilmiştir. Gerekli kofaktör, optimum pH ve sıcaklık sağlanıp karakterizasyonu ve enzim aktivitesi belirtilmiştir. Ayrıca ticari olarak temin edilen format dehidrogenaz enzimi de kullanılarak idrarda oksalat miktarını ölçmekde kullanılabilecek enzimatik aktivitesi yüksek bir oksalat ölçüm metodu geliştirilmiştir.
Obez bireylerde leptin reseptörünün genetik varyasyonu
Çalışmanın amacı, obez yetişkinlerin bazı immünolojik ve fizyolojik özelliklerinin belirlenmesi ve bu bireylerin yaş, bel çevresi (WC), vücut kitle indeksi (BMI) ve cinsiyetleri arasındaki ilişkinin tespit edilmesidir. Ayrıca, obezite ile ilişkili olabilecek genetik mutasyonları araştırmak ve bazı aday genlerin DNA polimorfizmlerinin obezite (fenotip) ile ilişkili olup olmadığını belirlemek için PCR-SSCP dizileme yaklaşımı kullanılmıştır. Çalışmamıza Irak Babil Hastanesi Beslenme Bölümü'ne başvuran, yaşları 19-40 arasında değişenlik gösteren ve etnik kökenleri aynı olan elli iki obez hasta (13 erkek, 39 kadın) (kronik hastalığı olan vakalar hariç) ve kontrol grubunu oluşturmak üzere otuz yedi sağlıklı birey (19 erkek, 18 kadın) dahil edilmiştir. BMI'ya göre obezite grupları I, II ve III şeklinde üç kategoriye ayrılmıştır. Mevcut çalışma, Leptin, ROS, BMI ve WC gibi fizyolojik parametrelerin tahminini yapmak ve obezite ile ilişkili LEP gen polimorfizmlerini ve genetik olarak hastalığı aktaran bir mutasyon olasılığını incelemek için ikiye ayrılmıştır. Sonuçlar, kadınların obez hastaların çoğunluğunu oluşturduğunu ve obez grup ile kontrol grubu arasında yaş, cinsiyet, vücut kitle indeksi ve önceki obezite öyküsü açısından önemli bir fark olduğunu (P=0,05) göstermiştir. Obez gruplardaki leptin düzeyleri, kontrol gruplarındaki düzeylerden önemli ölçüde farklılık göstermiştir ancak aynı durum Reaktif oksijen türleri (ROS) için geçerli olmamıştır. Her iki grupta da leptin düzeylerinin kadınlarda erkeklerden anlamlı olarak daha yüksek olduğu tespit edilmiştir. ROS serum düzeylerinde cinsiyetler arasında anlamlı bir fark bulunamamıştır. Bu arada sonuçlar, üç obezite kategorisi arasında serum, leptin ve ROS konsantrasyonlarında anlamlı bir fark olmadığını göstermiştir. Çalışma parametrelerinin korelasyonları, BMI ile insülin (obez gruplar) arasında ve ayrıca BMI ile ROS (obez kadın grupları) arasında pozitif bir ilişki olduğunu ortaya koymuştur. Mevcut edinimlere göre, yaş, cinsiyet, obezite kategorileri, vücut kitle indeksi, kan leptin konsantrasyonları ve LEP'deki genetik değişikliklerin dağılımındaki farklılıklar, obezite gelişiminin ana nedenleri olabilir.
Azospermide Iraklı hastalarda y-kromozom genlerinin ve immünolojik belirteçlerin polimorfizmi
Bu çalışmada, Bağdat Valiliği'ndeki Yarmouk Hastanesi, Babel Valiliği'ndeki Babel Hastanesi, AL-Anbar Valiliği'ndeki AL-Safwa Hastanesi ve özel laboratuvarlardaki infertilite laboratuvarlarından yaşları 21-40 arasında değişen 100 erkekten sperm örneği toplanarak yapılmıştır. Toplanan örneklerin, Y kromozomu mikrodelesyonlarının yoğunluğuna bakılmıştır. Kontrol grubu, Azospermi olmayan 50 erkekten oluşmakla beraber diğer 50 erkek, hibridizasyon polimeraz zincir reaksiyonu ile Azospermi ile enfekte edilmiştir. Bu çalışmada immünolojik belirteçler (IL-6 ve IL-1beta) kullanılmış ve Y kromozomu azospermi faktörleri (AZF) mikrodelesyonları ile bir korelasyon olup olmadığına bakılmıştır. Y kromozomunda, AZFc delesyonlarının Y kromozomundaki AZFa ve AZFb mikrodelesyonlarından daha yaygın olduğunu bulunmuştur. Mevcut çalışmada, Interlökin-6 (IL-6) ile Y Kromozomu mikrodelesyonu arasında bir korelasyon söz konusu değilken, Interlökin-1 beta (IL-1Beta) ile Y Kromozomu mikrodelesyonu arasında bir korelasyon vardır.
Irak'ta SARS-COV-2'nin moleküler ve immünolojik özelliklerinin belirlenmesi
Hızla yayılan solunum yolu virüslerinden biri olan ve akut solunum sendromuna neden olan koronavirüs, tüm dünyada etkili olmuştur. Bu durum, hastalığın ciddiyetini en aza indirmek ve hastanın iyileşmesini hızlandırmak için çok sayıda aşı ve ilacın hızla geliştirilmesine neden olmuştur. Çalışmamızda, interlökin-12 ve anjiyotensin dönüştürücü enzim-2'nin COVID-19'daki genetik değişkenliğinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Bu amaç doğrultusunda yaşları 15 ile 80 arasında değişen 100 COVID-19 hastasından kan örneği alınmıştır. Alınan örneklerde IL-12 ve ACE-2'nin kan düzeylerini değerlendirmek için immünolojik ve genetik araştırmalar yapılmıştır. Daha sonra elde edilen verilerin istatsitiksel olarak anlamlarını belirlemek için T-testi yapılmıştır. Şiddetli ve şiddetli olmayan hasta bireyler arasında serum IL-12 düzeylerinde ve ACE-2 seviyelerinde istatistiksel olarak anlamlı bir fark tespit edilmiştir.
Orta Irak'ta a grubu rotavirüs suşlarının moleküler karakterizasyonu
Rotavirüs bebeklerde ve küçük çocuklarda, dünya çapında en yaygın ishal nedenidir. Gelişmekte olan ülkelerde her yıl yüksek sıklık ile beş yaşın altındaki çocuklar arasında yaklaşık olarak 453.000 ölüme ve 2,4 milyon hastaneye yatışa neden olmaktadır. Epidemiyolojik çalışmalar sonucu, gelişmekte olan ülkelerdeki bebeklerde ve küçük çocuklarda Rotavirüs genotiplerinin paterni ve dağılımı belirlenebilir ve böylelikle gelecekteki Rotavirüs aşısı geliştirme stratejileri geliştirilebilir. Bu çalışmanın amacı, beş yaş altı ve şiddetli gastroenterit gösteren çocuklarda Rotavirüs suşlarının ne kadar yaygın olduğunu tespit etmekti. Eylül 2020'den Ocak 2021'e kadar beş yaşın altındaki çocuklardan elde edilen toplam 100 dışkı örneği üzerinde çalışıldı. Çocukların yaşları bir ile altmış ay arasında değişmekteydi. Örnekleri değerlendirmek için Enzime Bağlı İmmünosorbent Deneyi (ELISA) ve Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR) kullanıldı. ELISA ve PCR bulgularımız örneklerin %41 oranında pozitif olduğunu gösterdi. Genotiplemeyi analiz etmek için Yarı-Yuvalanmış Multipleks PCR kullanıldı. Genotip kombinasyonu en yüksek oranda G1P8 %34,14 ve bunu takiben G2P8 %14,63, G1P6 %12,19, G4P8 %7,31, G4P6 %2,43 olarak tespit edildi. Rotavirüs genotipleri, Rotavirüs yüzdesi yüksek olduğu için küçük çocuklarda ve bebeklerde viral gastroenterit için ana risk faktörüdür. Bu çalışmanın bulguları, Irak'da ki mevcut Rotavirüs havuzunun çeşitliliğine katkıda bulunan Rotavirüs tür çeşitliliğinin önemli yönlerine işaret etmiştir ve bu, Rotavirüs dinamiklerine dayanan belirgin ekstra Rotavirüs tür çeşitliliğini hesaba katan bir aşı geliştirmek için gelecekteki deneylere yardımcı olacaktır. Gelecekte, daha ileri çalışmalara ihtiyaç duyulacaktır. ANAHTAR KELİMELER: Irak, Rotavirüs, Moleküler tipleme, PCR
Isoӏation molecular identification of Salmoneӏla typhemurium from Iraqi patients/Babylon
A Total of 190 clinical blood specimens were collected during this study which obtained from patients suffering from typhoid fever, who attended to Imam Al-Sadiq Teaching Hospital, and private medical clinics in Babylon province during the period from November 2021 to February 2022. The clinical diagnosis depended on the presence of some symptoms such as fever, headache, anorexia, nausea and vomiting, abdominal discomfort with diarrhea or constipation for (6-18) days. From190 samples were collected and taken out 120 blood samples 70 exit samples. Out of a total of 190 samples, 44 samples showed positive results for salmonella bacteria and 146 negative samples. Out of a total of 120 blood samples, 26 blood samples were positive divided as follows15 samples of Salmonella Typhi,16 Paratyphi B, 1 Samples S. paratyphi A and Sample S. paratyphi B and 12 Samples was S. typhimurium. Enteric fever is a serious public health concern in low-income and middle-income countries, including Iraq. There were 190 samples obtained from a patient suspected of having typhoid fever, with 44 isolates (23 %) testing positive for Salmonella in the culture. Out of 190 specimens 44 (23%) were positive for Salmonella typhi using biochemical tests, VITEK2 compact system, and PCR assay using specific primer. It is probable that the low prevalence of Salmonella isolation from blood and pre-hospital antibiotic treatment was attributable to a shortage of resources at the hospital as a result of the delay in hospital admission. A blood culture is performed on patients in the first week of illness to confirm the diagnosis. Although this method is highly specific, it has a low sensitivity due to a number of factors, one of which is the small number of bacteria required to cause severe infection, which can be less than 10/mL, resulting in a very low positive culture yield and thus the inability to make a definitive diagnosis. Except for the antibacterial effect of antibiotics other potential limitations include the type of culture medium used, the time of blood collection (which may be too late for some patients), the host's immune response system, and the intracellular characteristics of Salmonella. At a molecular level, genotyping of Salmonella typhi isolates was carried out to characterize the genotypic traits by using PCR method targeting the main virulence factors genes. Of the overall 34 Salmonella typhi positive samples were screened for virulence genes included (tyv F, tyv R). PCR technique also used for screening the ( prt F par R gene) which observed in S. paratyphi, while the (tym F, tym R) used for detection of S.typhimurium. Multiplex PCR is a widespread molecular biology technique for simultaneously amplification of multiple targets in a single PCR experiment. In a multiplexing assay, more than one target sequence is amplified by using multiple primer pairs in the same reaction mixture. Multiplex PCR is a cost effective solution for detection of several targets from the same sample.
Moleküler laboratuvarda kalite kontrol ve akreditasyona ön hazırlıkta yapılan iyileştirme çalışmaları
Amaç: Moleküler genetik testlerin klinik tanıyı belirlemede önemli katkıları bulunmaktadır. Bu testleri yapan moleküler genetik tanı laboratuvarlarının sayısının her geçen gün artması ve bu alandaki teknolojik gelişmeler, ilk gereksinimi ve kullanımı endüstriyel alanda ortaya çıkan, sonrasında sağlık hizmetlerinde ve bunun önemli bir parçası olan tıbbi laboratuvarlarda da uygulanması yaygınlaşan toplam kalite yönetimi ve kalite standartlarının moleküler ve genetik tanı laboratuvarlarında kullanımını gerekli hale getirmiştir. Moleküler testler klinik tanının neredeyse vazgeçilmez bir parçası haline gelmiştir. Bu nedenle verilen test sonuçlarında hata yapmamak ve güvenilir sonuçlar vermek moleküler genetik tanı laboratuvarlarının vazgeçilmez politikası olmalıdır. Bu politikayı gerçekleştirmek ve geçerliliği her yerde aynı olan test sonuçları verebilmek için bir takım kalite standartlarının yerine getirilmesi zorunludur. Akreditasyon da bunu gerçekleştirmede önemli bir araçtır.Bu çalışmadaki amacımız, 1992 yılından beri hizmet vermekte olan Moleküler ve Biyokimyasal Genetik Tanı İstasyonumuzun akreditasyon standartları uyarınca şu anki durumunu ve eksikliklerini tespit edebilmekti. Yapılan tespit sonrasında standartların gerektirdiği şekilde belgeleri hazırlamaya yönelik bir ön çalışma yapmak ve bir moleküler genetik tanı laboratuvarının akreditasyonu konusunda ön bilgiler verebilmekti.Gereç ve Yöntemler: Bu tez çalışmasında, Çukurova Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Biyokimya Anabilim Dalı'na bağlı hizmet veren Moleküler ve Biyokimyasal Genetik Tanı İstasyonu'nda, akreditasyona ön hazırlık kapsamında ISO 15189 ve JCI standartlarının öngördüğü şekilde, öncelikle mevcut durum tespit edilmiş, sonra belirlenen eksikliklere göre belgelendirme çalışmaları yapılmış ve önerilerde bulunulmuştur.Bulgular: Bu çalışmayla, iş-akış şeması hazırlanarak, işleyiş süreci belirlenmiş, anket çalışması yapılarak da hizmet süreci hakkında laboratuvar çalışanlarının ve prenatal tanı ailelerinin görüşleri alınmıştır. Sonrasında laboratuvar el kitabı hazırlanarak laboratuvarın yapısı ve çalışma süreci, prenatal tanı işleyiş kılavuzu ile prenatal tanı hizmetinin kapsamı ve örnek prosedür, talimat ve formlar aracılığıyla da laboratuvar çalışmalarının belgelendirilmesi sağlanmıştır.Sonuç: Yapılan bu ön çalışma ile moleküler tanı laboratuvarının akreditasyon süreci için eksikliklerinin tespit edilmesine ve buna yönelik bir takım düzeltici faaliyetler açısından ön hazırlıklar ve öneriler yapılmasına çalışılmıştır. İleri dönemde akreditasyon için hazırlık yapmak isteyenlere örnek olabilmesi yönünden örnek prosedür, talimat ve formlar hazırlanarak bu konuda fikir verici ve öncü olunmaya çalışılmıştır.Anahtar Sözcükler: moleküler laboratuvar, kalite kontrol, akreditasyon, belgelendirme
Hatay-Samandağ yöresindeki liselerde hemoglobinopati tiplendirilmesi ve bilgilendirilmesi çalışması
Giriş ve Amaç: Dünya Sağlık Örgütünün yayınlarına göre, dünyada talasemi ve anormal hemoglobin sıklığı % 5,1 dir ve yaklaşık 266 milyon taşıyıcı vardır. Hemoglobin S'in Türkiye genelinde sıklığı % 0,37-0,60 arasında iken, Çukurova bölgesinin bazı yörelerinde bu sıklık % 3-44 arasındadır. Türkiye'de talasemi insidansı % 2,1 olarak bildirilmiştir. Hatay'ın Samandağ ilçesinde seçilen üç lisede öğrencilerin Hemoglobinopati tiplendirilmesi ve bilgilendirilmesi amaçlanmıştır.Gereç ve Yöntem: 2008-2009 yılında görsel sunum öncesi ve sonrası öğrencilerin hemoglobinopati hakkında ilgi ve bilgi düzeyini ölçmek için anket uygulanmıştır. Alınan kan örneklerinin tam kan sayımı, hemoglobin tiplendirilmesi, HbA2 ve HbF düzeyleri belirlenmiştir. Talasemi ve Anormal Hemoglobin olgularının DNA'ları izole edilip mutasyonlar ARMS, RFLP gibi geleneksel yöntemlerin yanı sıra mikroarray yöntemiyle çalışılmıştır.Bulgular: Samandağ İlçesindeki seçilen üç lisede 32 olgu HbAS, 2 olgu HbSS olarak belirlenmiştir. 6 olgu Hb AE olarak belirlenmiştir. 5 olguda ß talasemi taşıyıcısı olduğu belirlenmiş bunlardan 3'ünün IVS I-110 mutasyonunu taşıdığı, 1 olgunun Cd 39 mutasyonunu taşıdığı belirlenmiş olup, bir olgunun ise mutasyonu belirlenememiştir. 34 olgu ?-talasemi açısından incelenmiş olup, 8 olgunun ?3,7 mutasyonunu taşıdığı, 2 olgunun ? ? MED I mutasyonunu taşıdığı belirlenmiştir. Görsel sunum öncesi ve sonrası anket sorularına verilen doğru cevaplar istatistiksel olarak karşılaştırılmıştır.Sonuç: Lise öğrencilerine konunun genel olarak iyi aktarılmış olduğu belirlenmiştir. Kalıtsal kan hastalıklarının önlenebilir olduğu iyi aktarılamadığı belirlenmiş ve bu bölüm için görsel sunum gözden geçirilmiştir. Gönüllü kişilerden alınan kan örnekleri incelenip, bireylerin hemoglobin kimliklendirilmesi sağlanmıştır. Sonuçlar bireylere tek tek teslim edilip, tüm taşıyıcılar için taşıyıcılık kavramı ve önemi konusunda ayrıca bilgilendirilme yapılmıştır.Anahtar sözcükler: Anormal Hemoglobin, Talasemi, Moleküler Analiz, Eğitim
Gaziantep ilinin köylerinden toplanan geleneksel yoğurtlardan laktik asit bakterilerinin izolasyonu ve karakterizasyonu
Yoğurt sütün bakteriyel fermentasyonuyla elde edilen bir mandıra ürünüdür. Ticari yoğurtlar standart starterler kullanılarak üretilirken, geleneksel yoğurt üretimindeki mikrobiota, yıllardır starter olarak yoğurt kullanıldığından beri, oldukça farklıdır. Fermente ürünün final özelliklerini belirlemek için starter kültürlerin asitlik, aroma ve tat gibi biyokimyasal özelliklerinin bilinmesi gerekir. Bu sadece starter kültürlerdeki bakterilerin tanımlanması ve karakterizasyonunun yapılmasıyla başarılabilir. Bu çalışmada Gaziantep' te 9 farklı lokasyondan 208 adet geleneksel yoğurt örneği toplandı. Yoğurtların pH' ları ve LAB profilleri analiz edildi. Bakteri izolatlarının tanımlanmasında klasik laboratuvar yöntemlerine kıyasla daha hızlı hızlı ve güvenilir bir yöntem olan MALDI-TOF kütle spektrometrisi ile izole bakteriler tanımlandı. Bu çalışmada izolatların % 41' i bu yöntem kullanılarak ve % 99 ve % 34 benzerlikle tanımlandı. İzolatlar; iki farklı cins (Enterococcus, Lactobacillus) ve 4 farklı tür içeriyordu. Bu çalışmanın sonunda 4 farklı LAB fizyolojik ve biyokimyasal olarak tanımlandı ve onlar ticari yoğurt üretiminde kullanılan laktik asit bakterilerinden farklıydı.
Exophiala türlerinin tanısında rca (rolling circle amplification -yuvarlanan çember amplifikasyonu) yönteminin ıts rdna gen bölgesi hedeflenerek değerlendirilmesi
Exophiala cinsi başta olmak üzere esmer mantarların tanısında moleküler tanı yöntemleri başarılı bir şekilde uygulanmaktadır. Bu yöntemler esmer mantarların tanısından tedavisine kadar epidemiyolojik özelliklerine bakış açımızı geliştirmektedir. Bu çalışmada, Exophiala cinsi esmer mantarların tür düzeyinde tanısı için rDNA ITS bölgesi hedef alınarak yuvarlanan döngü amplifikasyonu (RCA) ve ligaz-bağımlı reaksiyon (LDR) olmak üzere iki ayrı ligaz-bağımlı prob amplifikasyon yöntemi geliştirildi. Çalışmada, ITS dizi analizi ile daha önceden tür tanısı doğrulanmış Exophiala dermatitidis, E. phaeomuriformis, E. heteromorpha, E. xenobiotica ve E. crusticola türlerine ait 57 referans izolat RCA ve LDR yöntemiyle incelendi. RCA prob duyarlılıklarının %100 ve özgüllüklerinin %4.7–85.7 (ortalama %45.2) arasında olmasına karşılık, LDR prob duyarlılıklarının %91.6–100 (ortalama %95.8) ve özgüllüklerinin %95.4–100 (ortalama %97.7) arasında olduğu saptandı. Bu veriler doğrultusunda, ayrıca, aynı Exophiala türlerini temsil eden ve tür tanısı ITS dizi analizi ile doğrulanmış 198 çevresel izolat LDR yöntemi ile incelendi. LDR problarıyla hedeflenen toplam 255 izolat değerlendirildiğinde, prob duyarlılıklarının %88.9-100 (ortalama 94.1), özgüllüklerinin ise %93.7-100 (ortalama 96.8) arasında olduğu belirlendi. SYBR® Green I temelli qPCR yöntemi ile yapılan performans ve validasyon değerlendirilmelerinde LDR reaksiyonlarının yüksek oranda tekrar üretilebilir ve Avrupa GDO Laboratuvarları Ağı kılavuz limitleri içerisinde olduğu görüldü. Sonuç olarak, Exophiala cinsi esmer mantarların tür düzeyinde tanısında LDR'nin RCA yöntemine göre daha güvenilir ve üstün bir yöntem olduğu belirlendi. Bilgilerimize göre, bu çalışma, tıbbi mikoloji alanında özellikle Exophiala cinsi esmer mantarların tanısında LDR yönteminin etkinliğinin değerlendirildiği ilk çalışmadır.
Otofaji ile ilişkili mikroRNA'ların akciğer kanserindeki rollerinin araştırılması
Akciğer kanseri, tüm kanser türleri arasında ülkemizde ve dünyada kansere bağlı ölümlerde ilk sırada yer almaktadır. Cerrahi müdahele, radyoterapi ve kemoterapi, tümör büyümesini azaltabilir, ancak genellikle nüks görülür. Otofaji, hasarlı organallerin ve uzun ömürlü proteinlerin lizozomal yıkımını kapsayan hücresel bir süreçtir. Kanserin erken evrelerinde tümör baskılayıcı olarak görev yapar ve genomik kararsızlığın azaltılması yönünde çalışarak kanser oluşumunu engeller, fakat ilerleyen evrelerde hasarlı protein ve organellerin yıkılıp, kanserli hücreye besin kaynağı olarak geri kazandırılmasına ve hücrenin kemoterapiye karşı direnç geliştirmesine katkı sağlar. Bu nedenle son yıllarda sitotoksik kemoterapi ile birlikte otofaji inhibisyon stratejileri de önerilmeye başlanmıştır. Bu tez çalışmasında, küçük hücre dışı akciğer kanseri modeli olan A549 ve HTB-54 hücre hatlarında miR-96-5p, miR-101-3p ve miR-138-5p'nin otofajiyi nasıl düzenlediklerinin araştırılması ile tedavi edici özelliklerinin olup olmadığının gösterilmesi amaçlanmıştır. Bu amaçla sitotoksisite, apoptozis, hücre proliferasyonu, koloni oluşumu, hücre göçü ve otofaji süreçleri üzerindeki olası etkilerinin araştırılması için çalışmalar yapılmış, her üç mikroRNA'nın da otofajiyi baskıladığı ve ayrıca tümör baskılayıcı gibi davranarak hücre proliferasyonu ve hücre göçünü azalttığı da gösterilmiştir. MiR-96-5p'nin otofaji genlerinden ATG9A'yı, miR-101-3p'nin ATG4D'yi hedefleyerek otofajiyi baskıladıkları gösterilmiş, miR-138-5p için hedef tanımlanamamıştır. Bu mikroRNA'ların otofajiyi inhibe ederek, akciğer kanseri hücrelerinin sağ kalımını azaltması, onların akciğer kanseri tedavisinde potansiyel yeni birer aday olabileceklerini göstermiştir.
NDM-1 karbapenemaz üreten klinik Klebsiella pneumoniae izolatlarında antibiyotik direncinin ve virülans genlerin karakterizasyonu
Klebsiella pneumoniae, sağlık hizmeti ile ilişkili enfeksiyonlarda en önemli patojenlerden biridir. Karbapenemler genellikle Genişletilmiş spektrumlu β-laktamazlar (GSBL) üreten K. pneumoniae'lerin neden olduğu enfeksiyonları tedavi etmek için kullanılır. Ancak, yüksek ölüm oranlarıyla ilişkilendirilen karbapenem dirençli K. pneumoniae'nin (KDKp) prevalansı son yıllarda artmaktadır. Bu durum dünya çapında önemli bir halk sağlığı sorunu haline gelmiştir. Son zamanlarda, durumu daha da karmaşık hale getiren birkaç hipervirülant ve karbapenemaz üreten izolatlar rapor edilmiştir. Direnç ve virülans mekanizmalarını daha iyi anlamak ve dolayısıyla çoklu ilaca dirençli K. pneumoniae'nin neden olduğu enfeksiyonlara yönelik etkili tedavi stratejileri geliştirmek için daha kapsamlı genomik ve fenotipik verilere ihtiyaç vardır. Gerçekleştirdiğimiz bu tez çalışmasında; çeşitli klinik örneklerden izole edilen ve Vitek-2 otomatize sistem ile tanımlanan 108 KDKp izolatı Kırşehir Ahi Evran Üniversitesi Eğitim ve Araştırma Hastanesi, Mikrobiyoloji Laboratuvarı stoklarından temin edildi. Karbapenem dirençli 108 izolatın 53'ünün blaNDM-1 direnç genine sahip olduğu belirlendi ve bu izolatlar çalışmaya dahil edildi. KDKp izolatlarının GSBL (blaTEM, blaSHV, blaCTX-M1, blaCTX-M2, blaOXA-1, blaPER-1, blaGES, blaVEB), karbapenemaz (blaVIM, blaIMP, blaNDM-1, blaKPC, blaOXA-48), plazmit aracılı florokinolon direnç genleri (qnrA, qnrB, qnrS, aac(6')-ıb-cr) ve Sınıf-1 integron içeriği spesifik primerler kullanılarak PZR yardımı ile belirlendi. KDKp izolatlarının hipermukoviskoz özellikleri string testi ile, virülans gen taşıyıcılığı (rmpA, magA, wcaG, uge, wabG, ycfM, fimH, mrkD, kpn, allS, ureA, entB, fepA, iroD, iroN, ybtA, fyuA, iutA, kfuBC, cnf-1) multipleks ve simpleks PZR yardımı ile belirlendi. pLVPK-türevi lokuslarının (iutA, rmpA, iroN) varlığını hipervirülant izolatların belirlenmesinde kullanıldı. KDKp izolatlarının K-antijen tiplendirmesi wzi gen sekansları kullanılarak tespit edildi. İzolatlar arasındaki genetik akrabalık rep-PZR ile belirlenirken, epidemiyolojik olarak klonal benzerlikleri MLST analizi ile belirlendi. Gerçekleştirilen bu tez çalışması sonucunda KDKp izolatlarının tümünün blaCTX-M1 ve aac-6'-Ib-cr genlerini taşıdğı tespit edildi. Bunu sırasıyla % 92.45 ile blaTEM, % 90.56 ile qnrS, % 88.67 ile blaSHV ve blaOXA-1, % 71.69 ile blaOXA-48, % 20 ile blaCTX-M2, % 9.43 ile qnrB ve % 4 ile blaVEB takip etmektedir. Gerçekleştirilen çalışmada hiçbir izolatda qnrA, blaPER-1, blaGES, blaVIM, blaIMP, ve blaKPC genleri tespit edilemedi. Sınıf-1 integron içerikleri incelendiğinde izolatların % 77.35'i In27 (dfrA12–orfF–aadA2) olarak sınıflandırıldı. KDKp izolatlarının % 63.37'si pLVPK-türevi lokusları (iutA, rmpA, iroN) beraber içerdiğinden hipervirülant olarak değerlendirildi. Gerçekleştirilen string test sonucunda izolatların % 9.43'ünün hipermukoviskoz fenotipe sahip olduğu tespit edildi. Aynı zamanda KDKp izolatlarında en yaygın K-antijen tipi % 84.90 oranı ile wzi64 olarak tespit edildi. MLST analizleri sonucunda KDKp izolatları arasında en yaygın ST tipi 53 izolatın 38'inde (% 71.69) belirlenen ST2096 tipidir. Bu çalışma, K. pneumoniae izolatlarında karbapenem direncinin, virülans faktörlerinin, K-antijen tipinin ve epidemiyolojik olarak izolatların klonal benzerliklerinin bir arada araştırıldığı detaylı bir çalışmadır. Gerçekleştirilen bu tez çalışması hem karbapenem dirençli enfeksiyonların yayılmasını önlemek hem de etkili tedaviler geliştirmeyi planlamak açısından önemlidir.
Normal endometriyum, endometriyal hiperplazi ve endometriyum kanserlerinde EZH2 proteininin moleküler yöntemlerle değerlendirilmesi
Amaç: Bu çalışmada, malignite açısından iki farklı insan endometriyum kanser hücre hatları ile normal endometriyum, endometriyal hiperplazi ve endometriyum kanserlerinde Enhancer of Zeste Homolog-2 (EZH2)'nin rolünün araştırılması amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: İnsan endometriyum kanseri hücre hatları Ishikawa ve MFE-319 (ACC-423) ile; normal endometriyum (proliferasyon ve sekresyon evresi); endometriyal hiperplazi (basit atipisiz ve kompleks atipili) ve endometriyal adenokarsinom (Tip I ve Tip II) örneklerinde EZH2 proteininin indirek immunohistokimyasal ve Western blotting yöntemleri ile değerlendirilmesi yapılmıştır. TUNEL yöntemi ile % apoptotik indeksler belirlenmiştir. EZH2 proteininin immunoreaktivite boyanmaları hafif (1), orta (2), şiddetli (3) ve çok şiddetli (4) olarak belirlenmiştir. Boyanan hücre sayıları % olarak sayılıp, boyanma şiddetleri ile H–skor elde edilerek, sonuçlar One-way ANOVA istatistiksel testi ile karşılaştırmalı olarak değerlendirilmiştir. P<0.05 istatistiksel olarak anlamlı kabul edilmiştir. Bulgular: Çalışmada, malignite açısından farklı iki insan endometriyum kanser hücre hattı EZH2 immunoreaktivitesi açısından karşılaştırmalı olarak değerlendirildiğinde; agresif olan MFE-319 insan endometriyum hücre hattında çok şiddetli (4) gözlenirken, Ishikawa hücrelerinde hafif/orta (1/2) olarak izlenmiştir (p<0,05). Histopatolojik değerlendirmenin ardından endometriyum örneklerinde EZH2 immunoreaktivitesi değerlendirildiğinde, normal endometriyumdan hiperplaziye geçiş ve endometriyal hiperplaziden karsinogeneze geçiş süreçlerinde istatistiksel olarak anlamlı artmış EZH2 immunoreaktivitesi izlenmiştir. % TUNEL indeksleri değerlendirildiğinde kanser gelişiminin ileri evrelerinde TUNEL pozitif hücre sayılarında istatistiksel olarak anlamlı artış olduğu belirlenmiştir. Western Blotting yöntemi ile EZH2 proteini varlığı insan endometriyum kanser hücre hatlarında saptanmıştır. Sonuç: Malignite yönünden farklı iki farklı insan endometriyum kanser hattında ve normal endometriyumdan, endometriyal hiperplaziye ve karsinogenez sürecinde EZH2 proteininin prognostik faktör ve kanser tedavisinde hedef molekül olarak önemi ortaya konulmuştur.
Endofitik Methylobacterium spp. (PPFMs) türlerinin moleküler tanılaması ve mikrobiyal bitki büyütme ajanı olarak kullanılabilirliği
Bu çalışmada, farklı tek yıllık bitkilerden izole edilen 40 Methylobacterium spp. (PPFM) suşunun bitki büyümesini teşvik edici özellikleri (PGPB), fosfat çözme, IAA üretimi, siderofor üretimi, ACC deaminaz aktiviteleri ve azot fiksasyonu açısından değerlendirilmiş ve TOPSIS analizi ile en yetenekli dört suş (M12, M15, M26, M34) seçilmiştir. M26 suşu, en yüksek fosfat çözme aktivitesini (253.23 µg/mL) gösterirken, M12 suşu en yüksek IAA üretimini (110.85 µg/mL) sergilemiştir. Tüm suşlar, metanolün ortamda azalmasıyla IAA üretimlerini artırmış ve bu durum, metanolün yalnızca bir karbon kaynağı değil, aynı zamanda bir sinyal molekülü olarak işlev gördüğünü ortaya koymuştur. M34 suşu, en yüksek ACC deaminaz aktivitesini (82.50 µmol α-ketobutirat/saat/mg protein) göstermiştir. Ayrıca, tüm suşlarda benzer seviyelerde azot fiksasyonu aktivitesi (14 µg/mL) gözlemlenmiştir. Çalışmamızda, 16S rRNA gen bölgesinin tür teşhisinde yetersiz olduğu, tür teşhisinde daha fazla çözünürlük sağlayabileceği düşünülen mxaF geninin filogenetik çözümlemede beklenen ayırt ediciliği sağlayamadığı ortaya konulmuştur. Tüm suşların tür teşhisinin tam yapılabilmesi için tam genom dizileme, kemotaksonomik analizler ve belirteç genlerle (örneğin gyrB, rpoD) multilokus dizi analizleri (MLSA) gibi ileri yöntemlerin uygulanması gerekmektedir. Saksı denemelerinde, M15 suşu bitki büyüme parametrelerinde (taze ağırlık, kuru ağırlık ve boy uzunluğu) en olumlu sonuçları vermiştir. Ayrıca, M15 ve M26 suşlarının rizosferik toprak mikrobiyotasının zenginliğini değiştirmezken, taksonomik kompozisyonunda göreceli bollukları değiştirdiği gösterilmiştir. Bu sonuçlar, Methylobacterium sp. suşlarının sürdürülebilir tarım uygulamalarında mikrobiyal bitki büyüme ajanı olarak kullanılma potansiyelini desteklemektedir.
Mitokondriyal Sitokrom oksidaz I (COI) gen dizilerine dayalı Euaresta bullans (Wiedemann, 1830) (Diptera: Tephritidae) populasyonlarının genetik analizi
Bu çalışmada, meyve sinekleri (Diptera: Tephritidae) içerisinde yer alan Euaresta bullans (Wiedemann, 1830) türüne ait Türkiye'nin farklı coğrafik bölgelerinde bulunan 7 ilden (Amasya, Çorum, Kahramanmaraş, Kayseri, Samsun, Sinop, Yozgat) toplananarak örneklerin populasyon genetik analizlerinin ortaya konulmuştur. Bu kapsamda, 101 ergin örnek, mitokondriyal sitokrom oksidaz I (COI) gen bölgesi baz alınarak değerlendirilmiştir. Sekans ürünlerinden başarılı sonuçlanan 79 örnek analiz edilmiş ve 17 haplotip belirlenmiştir. Meyve sinekleri popülasyonlarına ait nükleotit oranları hesaplanarak (C: %16,7; T: %38,93; A: %29,05 ve G: %15,8) baz bileşimlerinin Adenin ve Timin yönelimli olduğu gözlenmiştir. Çalışmanın neticesi olarak populasyonlar arası genetik uzaklık %0,09 - %0,046 olarak saptanmıştır. Elde edilmiş olan bu durum Euaresta bullans türünün bireyleri arasında genetik varyasyonun çok düşük seviyelerde olduğunu göstermektedir. Araştırmada yapılan nötralite test sonuçlarına (Tajima's D ve Fu's Fs) göre p<0,05 bulunmuş ve populasyonların güçlü yayılım gösterdiği belirlenmiştir. Farklı habitat özelliklerinde ve de farklı coğrafik bölgelerde yayılış göstermiş olmalarına rağmen belli oranda popülasyonlar arası üreme imkanı bulmuşlardır. Özellikle konukçu bağımlılığının yüksek olması ve konukçuların bulunduğu yerlerde farklı ortamlarda bulunabilmesi, bu türün çevre toleransı bakımından geniş bir toleransa sahip olması ile ilgilidir. Sonuç olarak, Euaresta bullans populasyonları arasında gen akışının devam ettiği, herhangi bir coğrafik ve ekolojik bir bariyer engeline takılmadığı, üssel olarak arttığı tespit edilmiştir. Anahtar Kelimeler: Euaresta bullans, Meyve Sinekleri, Tephritidae, COI, Türkiye.
Sağlıklı bireylerde MUTYH genindeki Alu elementinin sıklığının belirlenmesi
Oksitadif strese bağlı olarak Guanin bazı modifikasyona uğrayıp 8-hidroksi-2'-deoksiguanozin (8OHdG)' e dönüşmektedir. MUTYH geni, bu hasarın düzeltilmesinde ve genomun 8OHdG' nin mutajenik etkilerinden korunmasında etkili olan bir DNA glikozilaz enzimini kodlamaktadır. AluYb8 elementinin MUTYH geninin 15. intronuna insersiyonunun genin yapısını ve işlevini bozarak BER DNA tamir mekanizmasını sekteye uğrattığı ve neticesinde genomik DNA' da 8OHdG birikimine yol açtığı düşünülmektedir. Çalışmaya dahil edilen bireyler yaşlarına göre gruplarına ayrılmıştır. Toplam 309 bireyden 140'ı (% 45.3) insersiyon homozigot negatif (-/-), 80'i (% 25.9) heterozigot (+/-) ve 89'u (% 28.8) insersiyon homozigot pozitif (+/+) olarak genotiplendirilmiştir. Genotip dağılımı ve cinsiyet arasındaki ilişki incelendiğinde istatistiksel olarak anlamlı bir fark bulunamazken yaş grupları ve genotip dağılımları ilişkisi incelendiğinde önemli ölçüde farklılık olduğu tespit edilmiştir. Kadınlar ve erkeklerdeki genotip dağılımları yaş gruplarına göre ayrı ayrı incelendiğinde her iki grupta da istatistiksel olarak önemli farklılıklar tespit edilmiştir. En yüksek insersiyon (+/+) genotip frekansı hem kadınlarda (% 46.7) hem de erkeklerde (% 36.4) 50-59 yaş grubunda tespit edilmiştir.
Sepsis tanısında yeni moleküler yöntemlerin kullanılması
Bakteriyemi, ciddi seyirli infeksiyonlardan biri olup, yüksek mortalite ve morbidite sebebidir. Tanının hızla konarak tedaviye başlanması önemlidir. Bu çalışmada bakteriyemi tanısında kan kültürü ve PCR testinin sonuçları karşılaştırılmıştır.Çalışma Gaziantep Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi Mikrobiyoloji Laboratuarına gönderilen örnekler ile prospektif olarak yapıldı. Haziran-Eylül 2011 tarihleri arasında kan kültürü istenen hastalardan eş zamanlı olarak sepsis paneli çalışılarak sonuçları değerlendirildi. Belirtilen süre içerisinde çalışmaya 164 hastaya ait örnek alındı. Kan kültürü BacT-Alert (Biomerieux) tam otomatik kan kültürü sistemine alındı. Bakterilerin tanımlanmasında Vitek2 (Biomerieux) tam otomatik bakteri tanımlama sistemi kullanıldı. Moleküler olarak bakteriyel DNA varlığı multiplex real-time PCR (LightCyler SeptiFast, Roche Diagnostics) ile hazır bir kit kullanarak araştırıldı.Çalışmaya alınan hastaların, 77'si kadın (% 46.95), 87'si erkek (% 53. 04) olarak bulundu. Hastalar 1-92 yaşları arasında idi.Çalışmaya alınan kan kültürü örneklerinin 113'sinde (% 68.2) üreme saptanmazken, 51 örnekte (% 31.09) bir mikroorganizma saptandı. Kan kültürü örneklerinde en fazla tespit edilen bakteri KNS olarak bulunmuştur (n: 27, % 52.9).Moleküler yöntemle bakteriyemi etkeni araştırdığımız 164 hastanın, 114'ünde (% 69.5) herhangi bir etken saptanmazken, 50 (% 30.5) örnekte bir ve/veya iki etken saptanmıştır. Moleküler olarak en fazla saptanan mikroorganizma KNS olarak bulunmuş olup, tespit edilen 53 mikroorganizmanın 18'inde (% 35.2) oluşturduğu bulundu.Her iki yöntemle 164 örneğin 95'inde benzer sonuca ulaşılmış (uyum % 57.9), 68 örnekte farklı sonuçlar alınmıştır. Kan kültüründe üreme olmayan 30 örnekte moleküler olarak bir etken saptanmış, moleküler olarak bir etken saptanmayan 31 örnekte de kan kültüründe üreme bulunmuştur. Her iki yöntemle de 8 örnekte farklı etkenler saptanmıştır.
Epstein barr virüs enfeksiyonunun tanısında moleküler ve serolojik göstergelerin yeri
Epstein-Barr viruse (EBV), başta enfeksiyöz mononükleoz (EM) olmak üzere Burkit lenfoma ve nazofarengeal karsinoma gibi malignitelerin ayrıca transplantasyon sonrası immünsüpresif konakta ortaya çıkan posttransplant lenfoproliferatif hastalığın (PTLH) etiyolojisinden sorumlu, tüm dünyada erişkinlerin %90'ını enfekte eden insan herpesvirüs ailesinin bir üyesidir. Yaptğımız çalışmda 60 hasta serum örneğinin spesifik EBV antikorlarına VCA-IgG, VCA IgM, EBNA antikorları ve EA IgG antikoru (Diagnostic Bioprobes Srl-Italy) kiti kullanarak ELISA tekniği, EBV DNA'sına gerçek zamanlı PZR tekniği ile (artus EBV QS-RGQ Kit (24) CE-Qiagen-Almanya) kiti kullanrak bakıldı. Çalışmamızda EBV DNA'sı pozitif bulunan 17(%28.33) hastadan 4(%23.5) hasta öneğinin 3(%17.64)'ü çocuk hematoloji-onkoloji bölümünden 1(%5.88)'si kemik iliği transplantasyon ünitesinden gelen hastalar seronegatif olarak saptanmıştır. Çalışmamızda serolojik olarak EBV enfeksiyonu düşünülen hastalarda gerçek zamanlı PZR yönteminin EBV enfeksiyonunun tanı ve evrelendirmedeki öneminin belirlemesini amaçlanmıştır. Anahtar kelimeler: Epstein Barr Virüs, moleküler, serolojik, ELISA, PZR
Ratlarda yeni bir gümüş (Ag) karben kompleksinin kolon kanseri üzerine etkilerinin araştırılması
Kanser, büyük terapötik zorluklarla birlikte önemli bir küresel sağlık sorunudur. Kolorektal kanser dünya çapında önde gelen ölüm nedenleri arasındadır. Kolorektal kanser (CRC) insidansı hızla artmaktadır. CRC insidansının dünya çapında 2035 yılına kadar iki katına çıkması öngörülmektedir. CRC' nin yüksek ölüm oranına sebep olması nedeniyle ve CRC tedavisi için etkili ancak daha az toksik olan kemoterapötik ajanların geliştirilmesi amacıyla sürekli olarak yeni tedavi yöntemleri araştırılmaktadır. Günümüzde ise gümüş (Ag) bileşenleri ile elde edilen kemoterapik ilaçların kanser üzerinde etkili olduğu görülmektedir. Bu tez kapsamında kolorektal kansere karşı potansiyel antikanser ajan olarak yeni bir gümüş bileşeni olan Gümüş Karben (AgC) kompleksinin kolorektal kanser üzerine etkileri araştırılmıştır. Bu amaçla 90 adet Spraque dawley ırkı rat 6 gruba ayrılarak kullanılmıştır. Bunlar i. Kontrol; haftada 1 kez 3 hafta %0.9 steril serum fizyolojik uygulanan, ii. Gümüş Karben I (AgC I); DMSO da çözülüp içme suyu ile seyreltilen gümüş karben kompleksi (1 mg / kg, 1 mL / rat) gün aşırı oral gavaj ile uygulanan, iii. Gümüş Karben II (AgC II); DMSO da çözülüp içme suyu ile seyreltilen gümüş karben kompleksi (2 mg / kg, 1 mL / rat) gün aşırı oral gavaj ile uygulanan, iv. Dimetil Hidrazin (DMH); haftada 1 kez 15 mg / kg canlı ağırlığı olarak uygulanan, v. Dimetil Hidrazin + Gümüş Karben I (AgC I); DMH (haftada 1 kez 15 mg / kg canlı ağırlığı) + DMSO da çözülüp içme suyu ile seyreltilen gümüş karben kompleksi (1 mg/kg, 1 mL / rat) gün aşırı oral gavaj ile uygulanan, vi. Dimetil Hidrazin + Gümüş Karben II (AgC II); DMH (haftada 1 kez 15 mg / kg canlı ağırlığı) + DMSO da çözülüp içme suyu ile seyreltilen gümüş karben kompleksi (2 mg/kg, 1 mL / rat) gün aşırı oral gavaj ile uygulanan gruplardır. Toplamda 24 hafta süren çalışma sonunda Kontrol, AgC I ve AgC II gruplarının kolon dokularında herhangi bir kript oluşmadığı, DMH uygulanan grupta; 78 adet, DMH + AgC I grubunda; 29 adet ve DMH + AgC II grubunda; 20 adet kript oluştuğu tespit edilmiştir. Gümüş Karben kopleksinin uygulandığı gruplarda sadece DMH ın uygulandığı gruba göre kolon dokularında meydana gelen kript sayılarında belirgin bir düşüşün olduğu belirlenmiştir. Western blot çalışmasından elde edilen sonuçlar, gümüş karben uygulanan tedavi gruplarının kolon dokularındaki Bax, Kaspaz -3 ve Kaspaz-9 protein ekspresyonlarının DMH gruplarına göre istatistiksel olarak anlamlı bir şekilde arttığını (p<0.0001), Bcl-2, Akt1, p-Akt1, PI3K, p-PI3K, mTOR, p-mTOR protein ekspresyonlarının ise azaldığını göstermektedir (p<0.0001). Bu sonuçlar, gümüş karben kompleksinin PI3K/AKT/mTOR sinyal yolağınının inhibisyonu ve apoptotik yolağın aktivasyonu ile anti kolon kanser aktivitesi sergilediğini göstermektedir. Bu nedenle Gümüş Karben kompleksinin kolorektal kanseri üzerinde iyileştirici etkisinin olabileceği düşünülmektedir. Anahtar Kelimeler: Apoptoz, Gümüş Karben, Kolorektal Kanser
Thermus Scotoductus K6' Dan İzole Edilen Yeni, Kriptik, Küçük, Çok Kopyali Bir Plazmitin (pHIG22) Fonksiyonel Analizi
Bu çalışmada, Thermus scotoductus K6 bakterisinden izole edilen ve tanımlanan, 2222 bp uzunluğunda,yeni, kriptik, küçük, çok kopyalı, çift zincir, % 62,78 GC içerikli yeni bir plazmit (pHIG22) karakterize edildi ve fonksiyonel analizi yapıldı. pHIG22 plazmitinin 387. bazı ile 614. bazı arasında kalan 2012 bp'lik bölgenin replikasyondan sorumlu minimal replikonu olduğu belirlendi. TEM analizleri ile plazmitin "Teta" tip replikasyon moduna sahip olduğu, replikasyon orijininin 46. baz ile 239. baz (BamHI kesim bölgesi '0' noktası kabul edildiğinde ve ters oryantasyonda) arasındaki bölge olduğu tespit edildi. pHIG22'nin her iki zincirinden transkript kodlandığı belirlendi. RACE ve LACE analizleri sonucunda, Transkript 1'in 1622 bp büyüklükte (329-1950), Transkript 2'ninde 1712 bp büyüklükte (2103-329) olduğu tespit edildi. Transkriptlerin proteine dönüşüp dönüşmediğinin belirlenmesi için yapılan çalışmalarda; SDS-PAGE, Zimogram, 2D jel analizi ve MALDI-TOF/TOF analizleri sonucunda transkriptlerin herhangi bir protein kodlamadığı sonucuna varıldı. Transkriptlerin düzenleyici bölgeleri incelenerek, her iki zincirde promotör diziler olduğu belirlendi. E.coli suşlarında replike olmadığı belirlenen pHIG22'nin T. scotoductus K6 bakterisindeki kopya sayısı Real-time qPCR tekniği ile 148 olarak hesaplandı. pHIG22 minimal replikonu ve farklı DNA parçaları kullanılarak, E.coli-Thermus suşlarında replike olabilen pUCHIGK shuttle klonlama vektörü ve pHIGKE2 shuttle ekspresyon vektörü dizayn edildi.
Amsacta Moorei entomopoxvirus protein kinazlarının viral proteinlerle etkileşimlerinin belirlenmesi
Entomopoksvirüsler, sadece böcekleri enfekte eden önemli bir virüs grubudur. Bunlar, aile olarak hem omurgasızları hem de insanların da dahil olduğu omurgalıları enfekte eden poksvirüs grubundandırlar. Protein kinazların, bazı omurgalı poksvirüslerde virüs morfogenezisinde, konak seçiciliğinde, hücre bölünmesinin düzenlenmesinde ve apoptozis üzerinde faaliyet gösterdiği bilinmektedir. Bu çalışmada, Amsacta moorei entomopoxvirus'e ait 2 protein kinaz proteini ile 230 virüs genom proteinin arasındaki etkileşimler, maya-iki-hibrit sistemi kullanılarak araştırıldı. Genomdaki genler av, protein kinaz genleri ise yem vektörlere ayrı ayrı klonlandı. Öncelikle yem vektörler Saccharomyces cerevisiae AH109 suşuna transform edildi. Yem vektörlerdeki genlerin maya hücrelerinde ifadeleri Western blot hibridizasyon analizi ile doğrulandı. Genlerin ifadelerinin belirlendiği maya hücrelerine av vektörler transform edildi. YEM ve AV proteinler arasındaki etkileşimleri tespit etmek için yem ve av vektörlerini birlikte taşıyan maya hücreleri seçici SD (minimal synthetic defined) besiyerine inoküle edildi. Seçici besiyerinde büyüyen koloniler ilgili proteinler arasında pozitif etkileşim olduğunu gösterdi. AMV153 (protein kinaz) ile 5 adet protein etkileşimi, AMV197 (protein kinaz) de 11 adet protein etkileşimi olduğu belirlendi. Elde edilen bilgiler AMEV protein kinazlarının etkileştikleri proteinlerin aydınlatılmasında ve bunların virüs replikasyonundaki rollerinin anlaşılmasına önemli katkılar sağlayacaktır