Investigation of the effects of nicotine and levamisole on SW620 colon adenocarcinoma cells using a customized R-routine for automated microarray analysis

Sigaranın bağımlılık yapıcı madde olarak bileşeni nikotin, hücre çoğalımına neden olmak suretiyle kanserojen etki gösterir. Levamisol bir antihelmintik olarak kullanımdaysa da kolon kanserinde bağışıklığı arttırmak amaçlı kemoterapi ajanı olarak ve steroid hassasiyeti olan nefrotik sendromlu hastalarda denenmiş ve kullanılmıştır. Bu çalışmada 1uM ve 7 gün boyunca uygulanan nikotin ve levamisolün SW620 kolon kanseri hücre hattı üzerindeki etkilerini mikrodizi analizi ile gerçekleştirilmiştir. Verilerin analizi için açık kodlu R-BioConductor projesi paketlerinin yoğun olarak kullanıldığı özel bir R program tasarlanıp uygulanmıştır. Program rutini üç ana modülden oluşmaktadır: QualCont modülü, mikrodizilerin ve verilerin kalite kontrol analizleri için grafik destekli sonuçlar üretir ve veri normalizasyonunu gerçekleştirir; DEGidentifier modülü, gruplar arasındaki ifade farkı gösteren genlerin tespitini yapar ve bu konudaki sonuçları Venn şeması ve gen ifade haritası ile birlikte sunar ve son olarak FuncAnn modülü dört ana fonksiyondan oluşmaktadır ve Gen Ontolojisi, yolak analizi bakımlarından verilerin işlevsel analiz ve açıklamalarını yapar, grafikler ve gen ağ sonuçları ile destekler.Bu çalışma nikotin ve levamisolün SW620 hücreleri üzerinde hem gen ifade farklılaşması hem de işlevsel yolaklar bakımından oldukça benzer yanıtlar oluşturduğunu göstermektedir. Bulgularımız, nikotin ve levamisolün steroid biyosentezi, kolesterol biyosentezi ve aminoasit yıkımı metabolizmalarında oldukça güçlü bir etkiye sahip oldukları yönünde olmuştur. Mikrodizi bulguları gerçek zamanlı RT-PCR analizleri ile desteklenmiştir.