Nohut yanıklık etmeni Ascochyta rabiei izolatları arasındaki genetik farklılığın iPBS VE SCoT DNA markörleri ile incelenmesi

Nohut yanıklık etmeni Ascochyta rabiei bitkide çok önemli zararlara yol açmaktadır. Bu çalışmada Ankara ve Çankırı ilinde farklı lokasyonlardaki nohut ekim alanlarındaki sörveylerden elde edilmiş hastalıklı nohut bitkileri kullanılmıştır. Toplam 7 farklı lokasyondan alınan hastalıklı bitkilerden yapılan izolasyonlar, etmen sporulasyonu için en uygun ortam olan nohut unu agar ortamına gerçekleştirilmiştir. İzotlatların genomik DNA'sı izolasyonu CTAB tabanlı bir yöntem ile gerçekleştirilmiştir. Elde edilen A. rabiei izolatların arasındaki tür içi genetik çeşitlilik iPBS (inter-Priming Binding Sites) ve SCoT (Start Codon Targeted) DNA markör sistemleri kullanılarak araştırılmıştır. Yapılan ön çalışmalarda gruplarının ayrımı ve grup içindeki genetik farklılıkları değerlendirmede polimorfizm sağlaması beklenen SCoT primerleri (13, 28, 29, 32) seçilmiş ve tüm izolatlar arasındaki tür içi farklılıkları tespit etmek amacıyla kullanılmıştır. iPBS primerleri ile amplifiye edilmiş polimorfik bantların sayısı 11 ile 15 arasında değişirken, SCoT işaretleri ile 7-13 arasında değişmektedir. iPBS ve SCoT işaret sistemleri için ortalama güçlendirilmiş PCR ürünü sayısı sırasıyla 10, 12, 13 ve 11 olarak bulunmuştur. Buna rağmen iPBS ve SCoT markör sistemi ile izolatlar arasında tür içi polimorfizm saptanmamıştır. iPBS ve SCoT markör sistemlerinin A. rabiei izolatlarının tür içi ayrımında iyi bir DNA markör sistemi olmadığı ve daha geniş patojen popülasyonları ile araştırılması gerekliliği kanısına varılmıştır.