Functional characterization of Loc115098: A novel gene conserved in eukaryotic genomes

Loc115098 ilk kez tarafımızdan bulunmuş bir gendir. lk defa bu genin komşusu olanNIS (Sodyum-Iyot Simporter) geninin anlatımından sorumlu cis kontrol bölgelerininaydınlatılması amacıyla yapılan bir çalışma sırasında bulunmuştur. Bu gen 4 eksondanmeydana gelmektedir. Bioınformatik analizlerden faydalanarak yaptığımız araştırmalarbu genin oldukça ilginç özelliklere sahip olduğunu gösterdi, örneğin proteinin yapısıgenel olarak pozitif yüklü amino asitlerden oluşuyor, çekirdek sinyali taşıyor veökaryotik organizmalarda oldukça korunmuş bir şekilde bulunuyor. Bizim bu çalışmadakiamacımız bu genin işlevini anlamaktı. Bu nedenle öncelikle farklı dokularda bu geninifadesi olduğunu teyid ettik. Sonra bu proteinin hücre içersindeki konumunu anlamak içinçalışmalar yaptık. Sonuçlar, bu proteinin hücre döngüsü kontrolüyle ilgili bir işleve sahipolabileceği hipotezini kurmamızı sağladı. Bunun üzerine çalışmalarımızı sürdürmekamacıyla loc115098 geninin homoloğunu taşıyan daha düşük bir ökaryot olan Aspergillusnidulans'ı seçtik. Bu organizma bizim çalışmalarımız açısından oldukça kullanışlıydıçünkü hem loc115098 geninin çok benzer bir homoloğunu taşıyordu hem de bir modelorganizma olarak genetik araştırmalarda sıklıkla kullanılıyordu. Öncelikle loc115098geninin anlatımını çeşitli hücre döngüsü mutasyonlarına sahip olan A. nidulans ırklarındave doğal (wild type) ırkta karşılaştırmalı olarak inceledik. Bu çalışmanın sonucu bizemutant olan ırkların yaşamalarına müsaade etmeyen sıcaklık derecelerinde loc115098ifadesinin azaldığını gösterdi. Aynı zamanda bu organizma ile de LOC115098 proteininhücre içindeki konumlanışını araştırdık ve sonuç bize bu proteinin çoğunluklasitoplazmada bazen de çekirdeğin etrafını saracak şekilde bulunduğunu gösterdi. AyrıcaDouble-Joint PCR adı verilen oldukça sofistike bir metoddan faydalanarak knock-outçalışmalar yaptık ve ilk elde ettiğimiz sonuçlar bize bu genin, hücrenin yaşamsalolaylarından sorumlu bir işleve sahip olabileceğini gösterdi çünkü bu genin knock-outedildiği durumlarda canlının yaşadığı örneklere hiç rastlamadık. Loc115098 genininişlevini aydınlatmaya dair çalışmalarımız halen devam ediyor.