Improvements on Pathwaymapper: A collaborative pathway curation tool

Bilgi görselleştirme insan algısını güçlendirmek için soyut veriyi görsel olarak sunmaya odaklanır. Çizge görselleştirme büyük miktarda veriyi anlaşılır ve anlamlı bir şekilde sunma becerisinden dolayı bilgi görselleştirme alanındaki en yaygın türlerden biridir. Çizgeler ilişkisel bilgiyi sunmak için uygun bir veri yapısıdır ve bu nedenle çizge görselleştirme biyolojik yolak görselleştirmede de geniş bir kullanıma sahiptir. Bu tez çalışmasında, kanser yolaklarının ortak çalışmaya dayalı inşasına ve bu tür ağlar üzerinde bulunan kanser genomik verisinin görselleştirmesine odaklanıyoruz. Geçmişte biologların kanser genomik verisini incelemelerine yardım etmek amacıyla, SBGN gibi standart formatları da kapsayan çeşitli formatlar kullanan birkaç biyolojik yolak görselleştirme aracı geliştirilmiştir. Bununla birlikte, pek çok biyolog daha basit bir gösterim kullanan The Cancer Genome Atlas (TCGA) taslaklarında yayınlananlara benzer düzenlenmiş yolak diyagramlarını tercih ederler. Bu yolak diyagramları farklı kanser türleri için olan yolaklarda meydana gelen değişiklikleri özetler. Bu gereksinimi karşılamak amacıyla daha önceden PathwayMapper isimli ağ tabanlı bir araç geliştirilmişti. PathwayMapper önceden düzenlenmiş kanser yolaklarını görmek ya da yeni yolakları sıfırdan oluşturmak için kullanılabilir. Bu araç cBioPortal'dan genomik başkalaşım verisinin yüklenmesini de içeren pek çok özelliğe sahiptir. Ayrıca kullanıcıların etkileşimli şekilde kanser yolakları oluşturmalarını ve düzenlemelerini sağlamak amacıyla bir ortak çalışma modu da içermektedir. Bu tez çalışmasında, PathwayMapper'ı daha iyi bir kullanıcı arayüzü ile birlikte, daha eksiksiz ve güçlü bir araç haline getirmek amacıyla bir kaç yoldan geliştiriyoruz. Yeni özellikler karmaşıklık yönetimi işlemlerini, kenar büküm desteğini, etkileşimli köşe boyutlandırmayı ve çeşitli vurgulama imkanlarını içerir. Bunun yanında, araç çubuğunun eklenmesiyle arayüz daha kullanıcı dostu bir hale getirilmiştir.