Identification of long non-coding RNAs overcoming tamoxifen resistance in estrogen receptor alpha positive breast cancer

Tüm dünyadaki meme kanseri vakalarının büyük çoğunluğunu, ERα pozitif meme kanseri alt tipi oluşturmaktadır. Seçici ER modülatörü bir ilaç olan tamoksifen, hastalara önerilen en yaygın endokrin tedavi seçeneğidir ve hastalığın ölüm oranını önemli ölçüde düşürmektedir. Hastalar başlangıçta tamoksifene iyi derecede yanıt verseler de, zamanla direnç geliştirebilirler. Tamoksifen direnci olarak da bilinen bu durum, endokrin tedavi ile ERα-pozitif meme kanseri mücadelesinin önünde önemli bir engel teşkil etmektedir. Son yıllarda gerçekleştirilen global transkriptom analizleri, RNA'ya çevirilen genomik DNA bilgisinin çoğunun proteinlere dönüştürülmediğini göstermiştir. Proteinlere dönüştürülmeyen ve dolayısıyla kodlanmayan RNA'lar (ncRNA) olarak isimlendirilen bu RNA moleküllerinin, dizi-spesifik kromozom modifikasyonları, gen susturma ve protein sinyal yolaklarının düzenlenmesi gibi birçok hücresel süreçlerde yer aldıkları belirtilmiştir. Tamoksifen direncinde, protein ve mikroRNA (miRNA) moleküllerinin rolleri geniş ölçüde tanımlanmış olsa da, uzun kodlamayan RNA'ların (lncRNA, long non coding RNA) rolleri ise henüz yeterince anlaşılmış değildir. Bu tez çalışmasında, tamoksifen direncindeki uzun kodlamayan transkriptlerin etkisini anlamak amacıyla tamoksifen dirençli ERα-pozitif hücre hattı modelleri geliştirilmiş olup; duyarlı ve dirençli hücre modellerinin tüm transkriptom ebadında uzun kodlanmayan RNA ifade profilleri değerlendirilmiştir. Tüm genom RNA-Seq dizileme analizinin sonuçları, 330 tane uzun kodlamayan RNA'nın, tamoksifene dirençli hücre hattında parental hücre hattına kıyasla farklı şekilde ifade edildiğini göstermektedir. İfade kat değişimi, kanserle ilişkilendirilmesi ve geçerliliği onaylanmış uzun kodlanmayan RNA kriterleri dikkate alınarak bir filtreleme uygulanmış ve iki aday uzun kodlanmayan RNA çalışma için seçilmiştir. Çalışmaya bu iki lncRNA'dan hedeflenebilme potansiyeli ile ifadesinde artma görülen ile devam edilmiş olup; ifade seviyesindeki artış eş zamanlı PCR metodu ile doğrulanmıştır Daha sonra, bir antisens oligonükleotid (ASO) ile aday lncRNA'nın ifadesinin susturulmasının dirençli hücreleri tamoksifene yeniden duyarlı hale getirdiği gösterilmiştir. Aday lncRNA'nın tamoksifen direncinin kırılması üzerindeki potansiyel etkisi lncRNA hedef alındığında önce artmış LC3 II / LC3 I oranı ile gösterilen otofaji indüksiyonu, ardından kesilmiş Kaspaz 7 ile desteklenen apoptoz ile moleküler seviyede açıklanmaya çalışılmıştır. Ayrıca, tamoksifen ile tedavi edilen ERα-pozitif meme kanseri hasta veri setlerinin analizi, aday lncRNA'nın yüksek ifadesinin hastaların genel, nükssüz ve hastalıksız sağkalımlarını olumsuz yönde etkilediğini göstermiştir. Sonuç olarak, bu tez çalışması kapsamında ER pozitif meme kanserinde tamoksifen direncini düzenleyen ve tedavi yanıtının değerlendirilmesinde potansiyel bir biyobelirteç özelliği taşıyan yeni bir aday lncRNA tanımlanmıştır.