PAMOGK-Web: A framework for cancer sub-type identification using copy number variations

Genetik faktörlerden kaynaklı hastalıklarda farklı hasta alt-gruplarının tespit edilmesi hem tedavi yöntemlerinin geliştirilmesi hem de hastalığın asıl sebeplerinin bulunması için önemlidir. Yıllar boyunca yapılan kanser araştırmaları sonucu genom, transkriptom, metabolom, ve proteom gibi farklı omik veri tiplerini içeren geniş bir veri havuzu oluşmuştur. Multiomik de denilen bu veri tipleri, tek veri yapısının yeterli olmadığı yerlede kanser tiplerinin altında yatan sebeplere farklı görüş açılarından izlenim verebilir. Daha önceki çalışmalarımızda farklı omik veri tiplerini kullanarak kanser alt-gruplarını tespit eden PAMOGK sistemini geliştirdik. PAMOGK gen yolaklarını temel alarak, multiomik veri tiplerinden gelen bilgilerle hastaları bilgi verici alt-gruplara ayırmaktadır. PAMOGK multiomik veri tiplerinin bir araya getirilmesi için genişletilebilir bir şekilde tasarlanmıştır ve bu çalışmanın ilk kısmında PAMOGK genişletilerek gen kopya sayısı veri yapısı eklenmiştir ve bu sayede algoritmanın sonuçlarının geliştirilmesi amaçlanmaktadır. İkinci bir katkı olarak PAMOGK-Web isminde bir online platform tanıtılmaktadır ve bu platform ile hem deneylerin yapılmasının kolaylaştırılması hem de daha geniş bir kullanıcı kitlesine hitap etmesi amaçlanmaktadır. PAMOGK-Web kullanıcılarının PAMOGK sistemini direk kullanmasına gerek kalmadan basit bir arayüz sağlamayı amaçlamaktadır ve halihazırda tanımlanmış deneyler içermektedir.