A shiny application for pancan survival analysis with paralog/miRNA pairs and in vitro validation of miRNA synergism in liver cancer

Geliştirilmekte olan kanser sağkalım araçları, hastalık riskini tahmin edebilir ve prognostik biyobelirteçleri tanımlayabilir. mRNA ve mikroRNA (miRNA) ifadeleri ile yapılan çok değişkenli Cox orantılı tehlike modeller, sağkalım sonuçlarını farklılaştırabilir. Önceki çalışmalar, aynı yolaklara/ailelere ait genlerin bağımsız olarak ve kansere özgü bir şekilde hareket ettiğini göstermiştir. Bu tezde, miRNA'ların paraloglarının ve sense-antisense iplikçiklerinin kansere bağlı risk oranları TCGA PANCAN için test edilmiştir. Sonuçlar, gen bazında hayatta kalma ağları da sağlayan bir R/Shiny web uygulamasında sunulmuştur. Gen bazında hayatta kalma ağı yaklaşımı plazma membranı-endoplazmik retikulum (PM-ER) kalsiyum kanallarına uygulanmıştır. Paraloglar arasında, kansere özgü prognostik imzalar ve fonksiyonel kompartmanlaşma gözlemlenmiştir. UVM, MESO gibi bazı kanserler PM-ER sinyali için merkez kanserler olarak ortaya çıkmıştır. Ayrıca, önerilen gen bazında hayatta kalma ağı hepatoselüler kanserde, miRNA-mRNA üçlüleri için genişletilmiştir. Ardından, miRCoop algoritması tarasından öne sürülen sinerjik bazı miRNA çiftlerinin hücre canlılığı ve hedef gen ifadesi üzerindeki etkisi test edilmiştir. Sonuçlar, kombinatoryal miRNA tedavilerinin RNAi terapötikleri için umut verici sonuçlar gösterse de farklı doz ve hedeflerle yeni çalışmalar yapılması gerektiğini de göstermiştir.