Patikaweb: A web service for accessing and visualizing pathway data in patika database

Insan Genome Proje'sinin tamamlanmasının ardından, biyolojik sistem veri-lerinde ustsel bir artış oldu. Fazla sayıdaki ontoloji, standart ve araş yaratabilmeü s ccşabalarına rağmen, mevcut biyo-enformatik yapısı bu verilerin karmaşıklığı ileg sgmücadele etmekten şok uzaktır. Patika Projesi topluluğa hücresel işlemleri mod-u c gu sellemek, şüzümlemek ve birleştirmek işin tümleşik bir ortam sağlamayı amaşlar.co u s c u s g cPatika projesi Patika veritabanındaki veriye ulaşılmasını, şüzümlenmesinis co uve gürüntülenmesini sağlayan yazılım araşları sağlamaktadır.ou u g c g Bu tezde,Patikaweb isimli ağ tabanlı, kullanışlı, kayıt, yükleme gerektirmeyen yazılımg s uaracının tasarım ve uygulanmasını sunmaktayız. Gelişmiş veri şüzümlemess co uolanağını sağlamak işin, Patikaweb iki seviyede şoklu gürüntü olanağı, molekülerg g c c ou u g ukomplekslerin, yolakların ve kara kutu reaksiyonların gürüntülenmesi işin bileşikou u c sşizge sağlamakta ve kompartmanları desteklemektedir.c gSorgulama bileşeni, geribildirimli düngüleri, ortak hedef ve düzenleyici veyas ou ukullanıcının ilgili genine dayalı ilgili alt şizgeleri bulmak işin hem SQL benzeric csorguları hem de şizge kuramsal sorgu dizilerini destekler. Oluşturulan mod-c seller XML formatında saklanabilir; BioPAX, SBML gibi standart bişimlere ak-ctarılabilir veya sabit gürüntülere şevirilebilir. Patikaweb fazla etkileşimli veou u c skullanışlı sorgulama arayüzünü destekler.s uuuYolak araştırmalarında, karmaşık bilginin gürsel olarak güsterimi kritik birs s o orol oynamaktadır. Kullanışlı bir arayüz oluşturmaya şalışırken bilgi doğrus u s cs golarak, mümkün olan en geniş kapsamla güsterilmelidir. Bu tezde, aynı zamandauu s okarmaşık yolak bilgisini gürselleştirmede ontoloji ve şizgesel güsterimden kay-s o s c onaklanan sınırlamalarla mücadele eden yeni bir yaklaşım sunmaktayız.u sPatikaweb'in benzersiz gürselleştirme ve sorgulama olanakları ile, şu andao s siiiiimevcut araşlar ve veritabanları havuzunda ünemli bir boşluk doldurmaktadır.c o sAnahtar süzcükler :ou Biyo-enformatik, yolak gürsellenmesi, karmaşık gürüntüo s ou uidaresi, ağ hizmeti.g