Assessment of PRISM with previous CAPRI rounds

Proteinler hücre içerisindeki çeşitli moleküler ve hücresel aktivitelerin gerçekleşmesinde rol alan kilit elemanlardan birisidir. Proteinler görevlerini gerçekleştirmek için diğer proteinlerle, DNA, RNA ve diğer küçük moleküllere bağlanırlar. Bu sebeple, bir proteinin partnerine nasıl bağlandığı konusunu incelemek yapısal biyolojinin en temel görevlerinden biri olmuştur. Deneysel yöntemlerin protein yapısını elde etmekte gösterdiği gelişme sonucu PDB'de bulunan tekil protein yapılarının sayısı yüksek bir artış göstermiştir. Ancak, karmaşık protein yapılarının sayısı tekil protein yapılarının sayısı kadar hızlı bir artış göstermemektedir ki bu durum tekil proteinlerden yola çıkarak karmaşık protein yapılarını tahmin eden yöntemlere yönelik bir talep oluşturmuştur. Günümüzde karmaşık protein yapılarını tahmin eden çok sayıda hesaplamalı yöntem bulunmaktadır. Protein etkileşimlerinin tahmin eden algoritmaların performansını eleştirel olarak inceleyen CAPRI herkese açık gerçekleştirilen rutin bir deneydir. Tahmin edilmiş yapılar, CAPRI grubunun belirlediği birtakım değerlendirme koşullarına tabi tutularak doğrulanır. Bu koşullar arayüz rmsd (I-rmsd), ligand rmsd (L-rmsd), doğal aminoasit temaslarının sayısı ve çarpışan aminoasit sayılarından oluşmaktadır. Bu çalışmada ben, PRISM performansını önceki CAPRI turlarını kullanarak değerlendirdim. PRISM'in CAPRI turlarında göstereceği performansı değerlendirmek ve PRISM'in parametrelerini esneterek performansının sınırlarını görmek bu çalışmanın asıl amaçlarıdır. PRISM kullanılan hedeflerin %33'ü için doğru yapı tahmini yapamamıştır ki bu hedeflerin çoğunluğunu eş-ikililer ve enzim/inhibitor çiftleri oluşturmaktadır. Sonuçlar göstermektedir ki, sadece negatif enerjili yapıları değerlendirmeye almak doğru sonuçların %36'sının kaybolmasına sebep olmaktadır ve yapıların puanlamasında önemli sorunlara işaret etmektedir. Değerlendirmenin devamında RosettaDock alternatif puanlama için kullanılmıştır. Her iki puanlama yönteminin birbiriyle denk sonuçlar verdiği görülmektedir. PRISM'in başarı oranını artırmak amacıyla bazı parametreler değiştirilmiş, ancak kayda değer bir performans artışı gözlemlenmemiştir.