Mutation analysis of IDH1 gene in prostate cancer patients by next generation sequencing method

Erkekler arasında en sık görülen ikinci kanser türü prostat kanseridir. Çalışmamızın amacı, potansiyel mutasyonları ve onların hastalığın risk sınıfları ile ilişkisini saptamak için IDH1 başta olmak üzere MGMT ve ATRX genlerini yeni nesil dizileme ile değerlendirmektir. Analizler prostat kanseri tanısı almış 27 hastanın periferik kan örnekleri kullanılarak gerçekleştirilmiştir. Yeni nesil dizileme ile IDH1, MGMT ve ATRX genleri değerlendirildi. Ayrıca, tespit edilen mutasyonların D'Amico orta-risk ve yüksek-risk grupları için belirteç adaylığını değerlendirmek için analiz yapılmıştır. Çalışma grubunun ortalama yaşı 68 (53-83) olmakla birlikte, hastaların %88.89'u 60 yaş ve üzeri iken, %11.11'i 60 yaşın altındaydı. Hasta grubunun prostat hacmi (p=0.003), PSA seviyesi (p=0.048), cT1c (p=0.000), Gleason skoru (p=0.001), Tm yüzdesi (0.0006) gibi klinik veriler orta-riskli ve yüksek-riskli hasta grupları arasında anlamlı olarak farklılık göstermiştir. Araştırmaya konu olan hedef genlerin dizilimi sonucunda, 3'ü IDH 1'de, 6'sı MGMT'de, 2'si ATRX'te olmak üzere toplamda 11 mutasyon tespit edilmiştir. Tespit edilen mutasyonların büyük çoğunluğu prostat kanserinde ilk defa tanımlanmıştır. D'Amico risk gruplarına göre MGMT geninde tespit edilen c.159C>T (rs1803965) ve c.250C>T (rs12917) mutasyonlarının anlamlı olarak farklılık gösterdiği belirlenmiştir (p=0.017). IDH1 c.548A>G missense mutasyonunu taşıyan hastanın heterozigot mutant, MGMT geni c.159C>T sinonim varyantını taşıyan beş hastanın heterozigot mutant ve MGMT geni c.250C>T missens mutasyonunu taşıyan beş prostat kanseri hastasının heterozigot mutant karakterde olduğu Sanger sekanslaması ile doğrulanmıştır. Tanimlanan mutasyonların klinik uygulamalarda değerlendirmeye alınabilmesi tartışmaya açık olmasına rağmen, moleküler belirteçlerin prostat kanserinin sınıflandırmasında değerlendirmeye alınması gerektiği açıktır. Bununla birlikte, moleküler parametrelerin standart değerlendirme kriterlerine dahil edilmesinin prostat kanseri hastalarının klinik verilerinin daha yüksek doğruluk oranıyla değerlendirilerek, kişiye özel tedavi yöntemlerinin daha etkin bir şekilde uygulanabilmesine katkı sunacaktır.