A knowledge-based approach to predict protein torsion angles

Bir proteinin üç boyutlu yapıs dönme açıları (dihedral) cinsinden tanımlanabilir. Bu dönme açıları proteinin serbestlik derecesini oluturur. Bu çalışmada dönme açılarını değişik dönme izomerleri olarak guruplayan ve bu izomerlerin olasılıklarını değerlendiren bir yöntem geliştirildi. Özellikle Ramachandran haritasındaki çeşitli dönme açı değerlerinin olasılıkları kullanıldı ve yöntemin doğruluğu bilgi tabanlı bir yaklaşımla sorgulandı. Bir peptid zinciri üzerindeki amino asitlerin dönme açı değerlerinin birbirlerine bağımlılığı incelendi. Flory izole çiftler hipotezi, yakın komşu ilintisi, çevresel etkiler ve uzun mesafe etkileşimleri tartışıldı. Bilgi tabanlı yöntemde iki değişik protein veritabanı kullanıldı: i) proteinlerin düzensiz yapı gösterdiği bölgelerden alınmış veritabanı ii) tüm yapıdan elde edilen veritabanı. Sonuçlarda amino asitlerin protein doğal halinin seçimini destekleyen bazı dönme izomerleri durumlarına daha yatkın olduğunu gösterdi. Dönme açiları değerlerinin, amino asitin içinde bulunduğu ortama bağlı olduğu ve dönme açılarının amino asit dizini tarafından belirlendiği gösterildi. Ortam bağımlılığı aynı zamanda kamelyon dizinleriyle de ilişkilendirilip hesaplamalara katıldı.