Analysis of hot spots in protein-protein interactions

Öğrencinin Adı : Sabri Bora ErdemliTez Başlığı : Protein Etkileşimlerindeki Sıcak Noktaların AnaliziÖzetProteinler genellikle bir araya gelerek protein kompleksleri oluşturup bu karşılıklı işbirliğisayesinde fonksiyonlarını yerine getirirler. Neredeyse hücresel faaliyetlerin her aşaması proteinetkileşimleri sayesinde gerçekleşmektedir. Hücredeki organellerin yapılarının oluşumu, biyolojikzarlardan maddelerin transferi ve sinyal nakli bunlara örnek olarak sayılabilir. Bu tez çalışmasınınamacı protein-protein etkileşimlerindeki sıcak nokta adı verilen enerji yönünden önemli olan aminoasitlerin incelenmesidir. Bunun için 4 farklı gruba ait olan 14 değişik protein kompleksinin molekülerdinamik analizi yapıldı. Sıcak noktaların ve protein ara yüzlerindeki diğer amino asitlerin hidrojenbağı yapma kabiliyetleri yan zincirlerinin esnekliğine göre karakterize edildi. Neredeyse bütünkompleks gruplarının ara yüzlerinde hidrofobik amino asitlerin baskın oldukları görüldü. İkinci enbüyük etkiye ise aromatik amino asitlerin sahipti. Tyr, Ser, Phe, Gly ve Thr protein ara yüzlerindediğer amino asitlere göre daha sık olarak karşılaşıldı. Sıcak noktaların diğerlerine göre protein arayüzlerinde daha gömülü ve daha az esnek oldukları görüldü. Fakat bu iki grup amino asidin hidrojenbağı yapma kabiliyetleri arasında hiçbir fark gözükmedi. Bu çıkarımlar protein-proteinetkileşimlerinin anlaşılmasında ve kenetlenme algoritmalarının geliştirilmesinde önemli bir roloynayacaktır.