Optimal control approach in protein folding dynamics

Bu tezde üç boyutlu basitleştirilmiş model kullanılarak, proteinlerin katlanırken izlediğiyollar incelenmiştir. Bir dinamik model önerilmis ve bu model optimizasyon çatısıaltında çalışılmıştır. Amino asitler monomer tanecikler seklinde ifade edilmiştir.Monomerler arası etkileşim çizgisel yay kuvvetleri olarak belirlenmiştir. Ayrıca, dinamikmodele kontrol girdisi olarak bir kuvvet alanı tanımlanmıştır. Protein katlanması, dinamikmodel kestirimi ve fiziksel sınırlayıcılara tabi olan belirli bir enerji formunu minimizeeden bir sistemle, optimum kontrol problemi olarak formüle edilmiştir. Bu yaklaşım bizeherhangi bir başlangıç yapısından başlayıp doğal yapıya giden proteinin katlandığı olasıyolları oluşturmamızı sağlamıştır. Modelimiz, otuz altı tanecikli, hızlı katlanan bir proteinolan VILLIN e uygulanmıştır. Modelimiz uygulanması sonucu elde edilen yapılar doğalyapıya ortalama olarak 3.97 angstron rmsd değerinde yakınlık göstermiştir. Geniş biryoğunluk yelpazesi taşıyan başlangıç yapılarının doğal yapıya gitmesindeki izlenendinamik olaylar incelenmiştir. Ayrıca, her tanecik üzerindeki kuvvetlerin özellikleri vebu kuvvetlerin yapısal sınırlayıcılar ve etkileşimlerle olan ilişkisi incelenmiştir.