Characterization and analysis of protein-protein interfaces

Canlı hücrelerinde meydana gelen çesitli fonksiyonlar, dogada var olan sınırlı sayıdaki protein etkilesimlerinin sonucu olarak ortaya çıkar. Benzer olarak, protein-protein arayüzey yapılarının da sınırlı sayıda olması beklenilebilir. Çalısmada, (i) gerekli biyolojik çesitlilik için kaç çesit farklı protein ? protein etkilesim tipi beklendigi, (ii) hücre içi organizasyonun aydınlatılması için bu etkilesimlerin ne kadar kısmının bilindigi ve (iii) arayüzey yapılarının sayısındaki artıs ile bunun sonucu Protein Veri Bankası'nın fonksiyonel kapsamı ve etkilesim haritasının düzlüge ulasıp ulasmadıgı sorularını cevaplandırmak için en yeni elde edilmis olan protein arayüzey veri kümesi incelenmis, daha önceden elde edilmis olan protein arayüzey veri kümeleriyle çok yönlü olarak karsılastırılmıstır. Sonuçlar, arayüzey yapılarının sayısının protein yapılarının sayısıyla karsılastırıldıgında çok daha hızlı bir sekilde arttıgını ve henüz bu artısın durmadıgını göstermektedir. Bu çalısmanın bir tahmini olarak, toplamda birbirinden farklı 8000 arayüzey yapısının olacagı ve deneysel yöntemlerin simdiki hızıyla bunların açıklıga kavusturulmasının 30 yıl alacagı öngörülmüstür. Ayrıca, arayüzeylerin yapısal çesitliligine ragmen, bazı arayüzeylerin daha çok kullanıldıgı ve buna ek olarak bu yapıların tek zincirli proteinler tarafından da tercih edildigi görülmüstür. Bir baska önemli sonuç da, bazı türlerin, özellikle ökaryotların, zincir içi etkilesimi, daha az gelismis organizmaların ise zincirler arası etkilesimi tercih ettigi görülmüstür. Bu durum, ökaryotik hücrelerin karmasıklıgının sonucu olusmus bir adaptasyon olarak nitelendirilmistir. Bu tez çalısması protein arayüzeylerinin çok yönlü analizini ve bunların uygulama amaçlı kullanılmasını içermektedir. Elde edilen protein arayüzey veri kümesinin, proteinprotein etkilesimleri, proteinlerin birbirlerini tanıma mekanizmaları ve ilaç tasarımıyla ilgilenen arastırmacılar için zengin bir kaynak olacagına inanıyoruz.