Clustering protein-protein interactions based on conserved domain similaities

ivÖZETPROTEİN-PROTEİN ETKİLEŞİMLERİNİNKORUNMUŞ BÖLGE BENZERLİĞİNE GÖREÖBEKLENMESİAslı AyazBilgisayar Mühendisligi, Yüksek LisansTez Yöneticisi: Yard. Doç. Dr. Uğur DoğrusözAğustos, 2004Protein protein etkileşimleri (PPE) sinyal iletimi, transkripsiyonel düzenleme vemetabolizma gibi pek çok hücresel işlemi yürütürler. Saccharomyces ceravisae'de 16,000civarında PPE olduğu tahmin edilmektedir. Bu etkileşimlerin pek azının rastgelemutasyonlarla evrimleştiği (keşif), diğerlerinin ise gen çiftlenmesi ve exon değişimi gibiolaylarla oluştuğu (doğum) kabul edilmektedir. Bölgeler, proteinlerin işlevselbirimleridir, ve yeniden derlenip düzenlenebildikleri için doğumların çoğundansorumludurlar. Dolayısıyla doğumlar yoluyla evrimleşmiş eşköklü etkileşimlerin ortakbölgelerden oluşan bir imzası olması beklenir. PPE'leri tespit eden bir kaç yükseküretimli yöntem sayesinde, hızla artan miktarlarda PPE verisi elde edilmektedir. Buverileri literatür ve gen ifadesi gibi diğer yüksek verimli verilerle tümleştirmek içinçabalar bulunsa da, hali hazırdaki verilerle ilişkilendirilmiş bilgiler etkileşiminmekanizmasını ve işlevini anlamak için yetersizdir. Etkileşim eşköklülüğünün tespiti,yeni ya da bilinmeyen etkileşimlerin, eşköklü bilinen etkileşimler yoluyla tanımlanmasınısağlayabilir. Bu çalışmada bölge benzerliğini esas alarak etkileşimleri eşköklü gruplaraatamak için olasılıksal bir model tanımlıyoruz. Bu modeli temel alarak, en olasıöbeklemeyi bulmak için bir Beklenti-Maksimizasyon algoritması geliştirdik. Algoritmayısentetik ve gerçek veriler üzerinde sınadık ve ilk sonuçların oldukça umut vericiolduğunu gösterdik. Son olarak bu çalışmanın geliştirilebilmesi için bir kaç öneri sunduk.