Protein intrinsic normal modes are correlated with pre-existing equilibrium conformer populations

Proteinler hücresel fonksiyonların vazgeçilmez elemanlarıdırlar. Çoğu protein yapıolarak durağan bir resme sahip olmasına rağmen, protein dinamiği, bir başka deyişlezamana bağlı protein davranışı protein fonksiyonuna önemli derecede katkıda bulunur.Liganda bağlı, yapısal hareketlerin dışında, proteinler içerdikleri termal enerji sayesindekendilerine özgü hareketler gerçekleştirebilirler. Liganda bağlı olmadan proteinde yeralan bu yapısal hareketler fonksiyonel olarak önem taşımaktadırlar ve farklı proteinleriçin yapılan deneysel çalışmalara gore bu hareketler ile fonksiyonel hareketler arasındayapısal ve hareketin süreci bakımından ilişki bulunmaktadır. Bu içsel salınımlar, normalmod analizinin basitleştirilmiş bir versiyonu olan ANM ile belirlenen düşük frekanslı,protein modları tarafından açığa çıkarılabilmektedir. Biz bu çalışmada içerisinde enzim,antikor ve sinyal proteinlerinin bulunduğu 11 farklı proteine mod analizi uyguladık vemod analizi ile protein hareketleri arasında kinetik olarak herhangi bir bağlantı olupolmadığını irdeledik. Bu amaçla Hessian matriksinden elde ettiğimiz özdeğerlerikullandık. Bu özdeğerler modların titreşim frekanslarına dair bilgi içermekte ve ayrıcaANM çalışmalarında özdeğerler düşük ve yüksek frekanslı modları belirlemektedir.Bizim elde ettiğimiz sonuçlar özdeğerler ile protein hareketlerinin kinetik vetermodinamik özellikleri arasında bir bağlantıyı işaret etmektedir. Önceden debelirtildiği gibi bu içsel hareketler, proteine ait farklı yapılar arasında dinamik bir dengeoluşturmaktadır ve çalışmamızda önerdiğimiz gibi Hessian matriksinin özdeğerleri,protein hareketlerinin zaman periyodu ve termodinamik özellikleriyle bağdaşmaktadır.