An Optimization approach to study the dynamics of cotranslational folding

FormuÖğrencinin Adı : Şerife ŞentürkAna Bilim Dalı : Hesaplamalı Bilim ve Mühendislik (CMSE)Tez Başlığı : Proteinin katlanması mekanizmasını anlamak için biroptimizasyon yaklaşımıÖzetBu tezde, önceden geliştirilmiş olan bir optimizasyon modeli, protein zincirlerinin ribozomtarafından üretimi sırasında nasıl katlandığının anlaşılması için kullanılmıştır. Proteinlerribozomda üretilirken, zincirin oluşan kısmı ribozom tünelinde katlanmaya başlamaktadır veayrıca ribozomdan çıkan amino asitler kendi aralarında özelliklerine uygun şekillerebürünmektedir ve aynı zamanda zincirin geri kalan kısmının üretimi devam etmektedir. Buoptimizasyon modelinde, katlanma problemi fiziksel belirleyicilere ve dinamik modelhesaplamalarına uygun olarak, bir tür enerji şeklini minimize eden bir kontrol problemi olarakformule edilmiştir. Kullanılan optimizasyon modelinin büyüklüğü zincirin o anda kaç taneamino asitten oluştuğuna göre değişmektedir. Bu çalışmada, otuz altı amino asitten oluşan vehızlı katlandığı bilinen bir protein, chicken villin headpiece, üzerine çalışılmıştır. Model,proteinin değişik üretim hızlarında nasıl katlandığının anlaşılması için her amino asitindeğişik hızlarda daha önceden var olan zincire eklenmesi şeklinde kurgulandırılmıştır.Proteinin katlanma süreci, proteinin ikincil yapılarına bakılarak ilk aralık, orta aralık ve sonaralık olarak sınıflandırılmış ve bu aralıklar için zincirlerin katlanma mekanizması analizedilmiştir. Ayrıca, lokal olmayan etkileşmelerin proteinin katlanması üzerine olan önemlietkisi vurgulanmıştır.Danışman: Prof. Dr. Yaman Arkun Tarih: 02.11.06Enstitü Müdürü: Prof. Dr. Süleyman Özekici Tarih: 02.11.06