Molecular analysis of protocadherins in mammalian cells

Cadherin proteinleri hücre-hücre adezyonunda görev alan büyük bir transmembran protein ailesidir ve protocadherinler bu ailenin en büyük alt grubudur. Cadherinler iyi çalışılmış olsa da protocadherinler hakkındaki bilgi kısıtlıdır. Protocadherinlerin hücre adezyonunda rol aldığı gösterilmiştir ve nöron tanımlanmasında moleküler işaretçi oldukları düşünülmektedir. Ayrıca, yakın zamanda yapılan çalışmalar protocadherinlerin kanser ve nörolojik hastalıklarla ilişkisini açığa çıkarmıştır. Bu çalışmada biz hücre döngüsüne dayalı hücresel yerleşim gösteren bir protocadherini karakterize etmeyi amaçladık. Araştırdığımız protocadherinin çeşitli mutant versiyonlarını ürettik ve fizyolojik ve mutant proteinlerin hücresel lokasyonlarını hücre döngüsü boyunca mikroskop ile takip ettik. Ayrıca, sitoplazmik domainin, protenin hücre döngüsüne bağlı yerleşiminin kontrolündeki rolünü araştırdık. Sitoplazmik domainin etkilşim partnerlerini tanımlamak için iki doğrudan yöntem kullandık: 1. GST-füzyon afinite kromatografisini takiben kütle spektroskopisi; 2. BioID metodu (yakınlık-bağımlı biyotin tanımlamanın biyotin-streptavidin afinite kromatografisi ve kütle spektroskopisiyle kombinasyonu). Bu iki deneysel strateji protocadherinin aday etkileşim partnerlerini keşfetmemizi sağladı. Ek olarak, boncuk öbekleşme deneyi gerçekleştirdik. Çalıştığımız spesifik protocadherinin homofilik adezyon aktivitesi olmadığını gösterdik. Bu araştırma projesi protocadherinler hakkında yeni bilgiler ortaya koydu ve protocadherinlerin kanser tanı ve tedavisinde kullanılabilme potansiyelini gösterdi.