Prism 2.0: optimizing prism and designing a web server for structural modeling of protein – protein interactions

Hücredeki biyolojik süreçler çoğunlukla birçok protein - protein etkileşim ağları tarafından yürütülmektedir. Hesaplamalı biyolojinin amaçlarından biri proteinler arasındaki etkileşimlerin tahmini ve bir hücrenin nasıl çalıştığını anlamak için hesaplamalı yöntemleri kullanmaktır. Günümüzde, protein etkileşim verilerini oluşturmak için yaygın olarak kullanılan bir çok deneysel ve hesaplamalı yöntemler vardır. Öncü hesaplamalı biyoloji araçlarından biri de PRISM'dir. Geliştirilen ilk şablon tabanlı protein etkileşim tahmin aracı PRISM'dir. PRISM birçok yayın da başarısını kanıtlamış ve yaygın olarak protein-protein etkileşimlerin yapısal modellemelerin tahmini amacıyla kullanılmıştır. Ancak, protein-protein etkileşimleri ağları üzerinde kullanılmasının, hem performans hem de kullanılabilirlik açısından sınırlamaları vardı. Bu tezde, PRISM'in yeni bir sürümünün tasarlanması (PRISM2.0) ve protein etkileşim ağları üzerinde etkili ve kolay kullanımı olan bir araç olması amaçlanmıştır. PRISM2.0 birbirinden bağımsız modüllerden inşa edilmiştir, bu nedenle kullanılması ve daha da geliştirilmesi kolaylaştırılmıştır. PRISM2.0'nin web sunucu sürümü de bir protein-protein etkileşimleri havuzunu oluşturmak için geliştirilmiştir. Bu havuz büyüdükçe, protein-protein etkileşimleri için zengin bir kaynak olması amaçlanmaktadır. Kullanıcılar, herhangi bir kurulum ya da bilgisayar dünyası hakkında daha fazla bilgi sahibi olmadan web sunucusunu kullanarak PRISM 2.0 kullanabilmektedirler. Bu araçların biyolojik yolların yapısal modellemesi ile ilgilenen bilim insanları için faydalı olacağına inanmaktayız.