Prism : a system for the query, visualization and analysis of protein interfaces and their networks

Hücrede meydana gelen bir çok biyolojik süreçte, proteinler arasındaki karmaşık etkileşim ağlarıgözlemlenir. Hesaplamalı biyolojinin en büyük hedefi, hücre denen bu son derece karışık yapıdakimekanizmanın bilgisayar ortamında benzetimi olarak özetlemek mümkündür. Bu bağlamda, proteinlerarasında atom seviyesinde meydana gelen etkileşimler, biyolojik ağların yapıtaşlarıdır. Günümüzde,bir çok deneysel ve işlemsel yöntem yaygın bir şekilde kullanılarak protein etkileşim verisi eldeedilmektedir. Ancak, önemli bir etkileşim veri kaynağı olan protein bileşikleri çoğu zaman göz ardıedilir. Bu tezde, protein bileşiklerinden elde edilmiş arayüzlerin sorgulanması, incelenmesi, vegörselleştirilmesi için geliştirmiş olduğumuz yazılımsal sistem (PRISM) ve onun sonuçlarısunulmuştur. Protein arayüz verikümesi ve onlara benzer proteinlerin listesini kullanarak, tüm ilgilibilgiler bir ilişkisel veritabanında saklanmıştır. Veritabanının içeriği Internet sayfamız aracılığıylakullanıma sunulmuştur. Sitemizin tasarımında protein arayüzlerinin araştırılmasında kullanılabilecekçevrimiçi araçlara yer verilmiştir. İkili benzerlik verisi kullanılarak bir etkileşim haritası çıkartılıp,buna ilaveten, etkileşim verisinin görselleştirilmesi ve grafiksel ortamda araştırılmasına yönelik biraraç geliştirilmiştir. Veritabanımızdaki mevcut bilgiler, protein arayüzleri hakkında biyolojik açıdananlamlı bazı çıkarımlarda ve protein etkileşim verisi üzerinde grafik kuramı tabanlı incelemelerdebulunmada kullanılmıştır.