Pseudomonas izolatlarının çeşitli polihidroksialkanoatları biyoparçalama yeteneklerinin incelenmesi

ÖZET Bu çalışmada, topraktan izole edilen ve daha önce fizyolojik ve biyokimyasal özellikleri açısından Pseudomonas oldukları belirlenen bazı izolatlann polihidroksialkanoat (PHA) parçalama yetenekleri incelendi. 24 saat boyunca izolatlara maruz bırakılan polihidroksibutirat (PHB) filmleri ile kontrol filmlerinin yüzey morfolojisi taramalı elektron mikroskobu ile incelendiğinde, izolatlara maruz bırakılmış filmlerde kontrole göre, çok sayıda düzensiz çukurların ve yüzey erozyonunun olduğu gözlendi. Hem jel geçirgenlik kromatografisi ile tayin edilen molekül kütlesi azalmasının hem de kütle kaybının %30'lara varması bu izolatlann PHB filmlerini parçalayabildiğim göstermektedir. Katı besiyeri ortamı üzerine yayılan polihidroksioktanoat, polihidroksinonanoat ve kopolimer (PHB-co-HV) filmlerinin parçalanması, bu polimer filmleri üzerine izolatlann uygulanması sonucu berrak bölgelerin oluşumu ile de belirlendi. 50-60 kDa molekül kütleli bazı peptidlerin elektroforetik olarak gözlenmesi diğer Pseudomonas türlerinde benzer molekül kütleli bir depolimerazın varlığı ile ilgili önceki gözlemlerle oldukça uyumludur. Depolimeraz aktivitesinin karakterizasyonu ise />-nitrofenilbutirat substratı varlığında gerçekleştirildi ve bazı kinetik değerler daha önce bildirilen değerlerle karşılaştınldı. Elde edilen verilerden, bu aktiviteden sorumlu enzim için bu substrat varlığında Km ve Vmaks değerleri sırasıyla 2.3 raM ve 2.8 Ünite olarak hesaplandı. Belirlenen depolimeraz aktivitesinin belirli konsantrasyonlardaki Na~, K" ve Mg+2 iyonlan varlığında arttığı, yüksek konsantrasyonlarında ise azaldığı gözlenmiştir. Ca"2 durumunda ise aktivasyon, artan iyon konsantrasyonlannda bile belirli düzeylerde sabit kalabilmiştir Fenilmetilsülfonilflorür, ditiyotreitol, siyanür, sodyum azid, deoksikolik asit sodyum tuzu ve etilen diamin tetraasetikasit sodyum tuzu gibi kimyasalların test edilen izolatlarda mevcut olabilecek depolimeraz aktivitesi için inhibisyon davranışları incelendiğinde, elde edilen veriler diğer depolimerazlarda bildirildiği gibi benzer bir depolimerazın çalışılan izolatlarda bulunabileceği sonucunu ortaya koymaktadır. 16S rRNA genlerinin dizi analizlerinden PHA parçalama yetenekleri karakterize edilen bu izolatlann Pseudomonas türü olduktan belirlenmiştir. Anahtar kelimeler: Polihidroksibutirat, Depolimeraz, Biyobozunma, Pseudomonas VI