Functional identification of RasGEF1 family of exchange factors as activators of Rap2, and as interacting partners of Ccdc124

Ccdc-124 geni bütün ökaryot canlılarda korunmuştur. Ccdc-124 proteininde bilinen protein motiflerine gözlemlenmemiştir. Bu tez kapsamında yapılan çalışmalarda, maya ikili hibrit analizleri sonucunda, guanin nükleotid değişim faktörü olduğu düşünülen RasGEF1B'nin Ccdc-124 ile etkileştiği bulunmuştur. Fonksiyonu ve özelliği bilinmeyen, ancak yüksek oranda korunmuş olan RasGEF1 ailesi proteinlerinin, C-ucunda CDC25-Homoloji Bölgesi, N-ucunda ise RasGEF-N, Ras Değişim Motifi, bölgesi bulunmaktadır. Ccdc-124 ve RasGEF1 ailesi proteinlerinin birbirlerine bağlanması immünopresipitasyon ve GST çöktürme yöntemleri ile de doğrulanmıştır. Saflaştırılmış RasGEF1A, RasGEF1B ve birçok Ras ailesi proteinleri kullanılarak yapılan deneylerde, RasGEF1A ve RasGEF1B proteinlerinin Ras benzeri G poteinlerinden sadece Rap2'ye özgün değiştirici faktör olarak ekileştiği bulunmuştur. Bu proteinler Rap1 ve diğer Ras ailesi proteinlerine etki etmemişlerdir. Diğer yandan, Ccdc-124 proteini, in vitro deneylerde, RasGEF1 ailesinin hiçbir G proteini stimülasyonunu da etkilememiştir. Karşılıklı bölge-yönelimli mutagenez ile RasGEF1 proteinlerinin Rap1 ve Rap2 proteinlerini ayırt edici bölgesi analiz edilmiş ve Rap2'nin switch I bölgesinde yeralan fenilalanin39'un özgüllüğü sağlayan amino asit olduğu bulunmuştur. Rap1 üzerinde bu bölgeye karşılık gelen serin39'un mutasyonu ise RasGEF1B ile stimülasyonunu sağlamaktadır. Bu çalışma sonucunda insan hücrelerinde sadece Rap2'ye özgün bir nükleotid değiştirici faktörün varlığı ilk defa belirlenmiştir.