Sakarya nehir kaynağı sedimentinden izole edilen prokaryotların 16s rrna dizilemesi ile moleküler tiplendirilmesi

Yapılan çalışmada, Eskişehir ilinin Çifteler ilçesinde bulunan Sakarya Nehri'nin doğduğu bölgeden farklı derinliklere sahip 4 farklı lokaliteden alınan sediment örneklerinden prokaryotik mikroorganizma izolasyonu yapılmıştır. İzolatların 16S rRNA gen bölgelerine ait dizi verileri elde edilmiş ve filogenetik analizler ile moleküler tiplendirilmesi yapılmıştır. Sediment örnekleri, nehirden steril kavanozlar ile alınmış ve laboratuvar ortamında dilüsyon plaka yöntemi uygulanarak önceden hazırlanmış antibiyotik içerikli 5 farklı besiyeri ortamına inoküle edilmiştir. İzole edilen 22 organizmanın 16S rRNA gen bölgesinin PCR çalışmaları yapılmıştır. 16S rRNA gen bölgesi nükleotid dizi verilerine göre, izolatların Cellulomonas, Micromonospora, Saccharomonospora, Brevibacillus, Paenibacillus ve Microvirga cinslerine ait oldukları belirlenmiştir. Mega 7 paket programı ile 22 izolatın en yakın tip türleri ile filogenetik analizleri gerçekleştirilmiştir. BIOEDIT programı kullanılarak izolatların en yakın tip türleri ile yüzde benzerlik ve nükleotid farklılık tabloları oluşturulmuştur. İzolatlar arasından olası yeni türler belirlenmiştir. 16S rRNA gen bölgesi filogenetik analizlerine göre; S1S32 (Microvirga sp.), S2S24 (Cellulomonas sp.), S1I41 (Brevibacillus sp.), S1S22 (Paenibacillus sp.), S2S21 (Saccharomonospora sp.), S1S33 (Micromonospora sp.) ve S1G21 (Micromonospora sp.) yeni türler olarak literatüre kazandırılacakları düşünülmektedir.