Libraries and tools for viewing and editing biological maps in sbgn

Hücresel prosesler ve yolaklar hakkında bilgi Systems Biology Graphical Notation (SBGN) gibi hesaplanabilir standart formatlarda artarak daha ulaşılabilir bir hale geliyor. Bu bilginin etkin olarak görselleştirilmesi biyolojik bilgi analizi için temel bir gereklilik. Biyolojik bilgi analizi hızla web tabanlı platformlara taşınmakta; bu yüzden bu platformları ve diğer kullanım senaryolarını destekleyen çok yönlü web tabanlı yolak görselleyici ve düzenleyicilere büyük bir ihtiyaç var. Bu ihtiyacı karşılamak için modüler bir yazılım mimarisi geliştirmeyi öneriyoruz. Önerilen mimari yeniden kullanılabilir web tabanlı kütüphaneler ve bu kütüphaneleri kullanarak geliştirilen kolaylıkla uyarlanabilir ve gömülebilir araçlar içeriyor. Kütüphanelerimiz SBGNViz.js, SBGN diyagramlarıyla gösterimlenen yolak modellerini görselleştirmek için bir işleyici ve uygulama programlama arayüzü sağlayan Cytoscape.js tabanlı bir kütüphane, ve ChiSE.js, SBGN diyagramlaryla gösterimlenen yolak modellerini görselleştirmek ve inşa etmek için SBGNViz.js tabanlı bir kütüphane, ve çok yönlü Cytoscape.js eklentilerinden oluşmakta. Bu kütüphaneleri kullanarak geliştirilen araçlarımız sırasıyla SBGNViz.js ve ChiSE.js için birer örnek uygulama olan SBGNViz Viewer ve Newt'i içermekte. Newt, moleküler kompleksler ve kompartımanlar gibi bileşik yapıları, örgü ve hizalama yönergeleri gibi ileri şemalaştırma olanaklarını, durgun ve artımlı yerleştirme algoritmalarını, ve büyük haritalarda karmaşıklık yönetimini destekleyen ilk web tabanlı araç olarak geliştirilmekte.