Semantic validation of biological maps in SBGN

Çizge görselleştirme, birbiriyle ilişkili bilgileri grafiksel biçimde çizge ya da ağlar şeklinde gösteren bir araştırma alanıdır. Bu gösterim, ağ sistemleri, yazılım mühendisliği ve biyoloji gibi birçok alanda uygulanabilmektedir. Bu alanlarda, çizge görselleştirme teknikleri çizge tabanlı spesifik verilerin etkili görsel analizini sağlamaktadır. Systems Biology Graphical Notation (SBGN) biyolojik varlıkları ve bunların etkileşimlerini göstermeyi sağlayan bir standardı çizge görselleştirme kullanarak tanımlamaktadır. SBGN-ML, SBGN haritaları hakkındaki bilgileri tutan bir XML tabanlı formattır. libSBGN ise SBGN-ML dosyaları üzerinde okuma ve yazma işlemini kolay bir şekilde sağlamakla birlikte SBGN haritaları için sözdizimsel ve anlamsal doğrulamayı da mümkün kılmaktadır. Bu üst seviye anlamsal doğrulama daha önce bahsedildiği gibi Java/C++ (libSBGN) ve JavaScript (libSBGN.js) programlama dillerinde farklılık gösteren seviyelerde desteklenmektedir. libSBGN, SBGN haritaları üzerinde değişiklik yapmak ve başka birçok formata dönüştürmek için önemli sözdizimsel ve anlamsal doğrulama konseptlerine olanak sağlamaktadır. SBGN-ML dosyalarının sözdizimsel doğrulaması basit bir XSD dosyasını kullanmayı içermektedir. Bu doğrulama dosyaların doğru formatta olup olmadığını kontrol etmektedir. Fakat, bu XSD dosyası SBGN içerisindeki anlamsal kuralları kontrol etmeye olanak sağlamamaktadır. Üst seviye anlamsal kontrolü sağlayan Schematron dili böyle dosyaların anlamsal doğrulaması için geliştirildi. Bu tezimizle birlikte, ilk olarak SBGN haritalarının XSLT ve süreç tanımlama haritalarının dönüşümünü kullanan üst düzey anlamsal doğrulaması libSBGN kütüphanesinin JavaScript versiyonu içerisinde sağlandı. XPath formatında yazılan, doğrulama hataları için okunabilir mesajları ve hataların kaynaklarını gösteren Schematron kuralları kullanarak XSLT stil sayfası üretildi. Bu stil dosyası kullanılarak SBGN-ML dosyalarını dönüştüren doğrulama sonuç dosyası elde edildi. libSBGN kütüphanesinin JavaScript versiyonunda, dönüşüm için Web tabanlı XSLT işleyicisi kullanıldı ve bu nedenle kütüphane diğer ihtiyaç duyulan SBGN yazılımlarında da Schematron doğrulama sağlamak için kullanılabilir duruma geldi. Buna ek olarak, Schematron doğrulama kontrolleri, değişen libSBGN.js kütüphanesini kullanarak SBGN editörü Newt aracına eklendi. Bu eklemeyle birlikte Newt, seçilen haritalar için doğrulama sonucunu okunabilir bir mesaj şeklinde gösterebilmenin yanı sıra, doğrulama açısından sorunlu objeleri renklendirerek gösterebilir ve uygun bir şekilde doğrulama problemlerini otomatik olarak çözen yollar önerebilir hale getirildi.