Diverse sequence search and alignment

BLAST gibi sekans arama ara çları , bir sorgu sekansı i cin, se çilen veritabanı ndaki en benzer sonu çları bulmayı ama çlar. Sorguya benzer sonu çlar, kendi i çinde de benzerlik g östermektedir. Biyoenformatikteki bir çok analiz yeni aramalar i cin daha geni ş bir yakla şı m gerektirir ve ilk sı ralardaki sonu çları n daha farkl ı çe şitler sunarak yol g österici olması beklenir. Fakat, su anki arama sistemlerinde çe şitlilik hen uz tamamlay ıcı bir par ça olarak sunulmamaktad ır. Tekrar eden sonu çları n azaltı lması ad ına, sekans veritabanlar ı olu şturulurken belli bir gereklilik seviyesine bakı lmaktad ır. Ama, bu durum dinamik olarak olu şturulmu ş sonu ç k ümelerinin gereklilik seviyelerini kontrol etmek i cin uygun de ğildir. Bu tezde, öncelikle, sekans aramas ı i çin çe şitlilik arama problemi üzerinde durduk. T üm sorgular ve sonu çlar i cin kullanılabilecek ç öz ümler geli ştirmeye calıştı k. Sekans arama ara çları nda al ınan sonu çlara uygulanabilecek, olası ce şitlilik ol çekleri geli ştirdik. Bunları n yanı sı ra, deneyleri de ğerlendirmek i cin de objektif bir de ğerlendirme ol ce ği tan ımladı k. Çe şitlilik algoritmalar ını n etkinli ğini PSI-BLAST arac ı kullanı larak alı nmış sonu çlar üzerinde de ğerlendirdik. Ayrı ca, sonu çlar ın biyolojik a çı dan anlamlı olup olmad ığı nı kontrol etmek i çin gen ontolojilerinin kullan ıld ığı bir fonksiyonel çe şitlilik ol çe ği belirledik. Yap lan deneyler, önerdi ğimiz metotları n orijinal arama sonu çlarından, hem fonksiyonel hem sekans tabanl ı analizlerde istatistiksel olarak daha üst ün oldu ğunu g österdi. Bunları n d ışı nda, geli stirdi ğimiz y öntemlerin kullanı mı n ı sa ğlamak i çin BLAST web servislerini kullanan Div-BLAST ad ında bir web arama aracı geli ştirdik. Bahsi ge çen ara ç öncelikle verilen paramatreleri kullanarak BLAST üzerinde arama yapmakta; daha sonra bu aramada elde edilen sonu çları çe şitlilik unsurunu hesaba katarak yeniden sı ralamakta ve BLAST kullan ıcı ları nı n alı ştı ğı bir aray üze benzer şekilde sonu çları sunmaktad ır.