Sinop kıyılarında (Karadeniz) dağılım gösteren cystoseıra (ochrophyta)-nereıdıdae (polychaeta) birlikteliğinin mikrobiyal kommunitesinin araştırılması

Kahverengi makroalglerden olan Cystoseira sensu lato (sl) (Ochrophyta) fasiyesi, Karadeniz'de yaygın bir dağılıma sahip olup poliketler için yaşam ortamı oluşturur. Denizel organizmalarla ilişkili mikrobiyota, deniz ekosistemlerinin dengesi ve biyoçeşitliliğin devamı için kritik rol oynar. Bu tez çalışmasında, bir poliket familyası olan Nereididae'ye ait bireyler ile birliktelik oluşturdukları Cystoseira sl fasiyesinin mikrobiyal kommunitesinin araştırılması, konak-konakçı arasındaki mikrobiyal ilişkinin anlaşılması, deniz suyu örneklerinin mikrobiyal tespitinin yapılması, istasyonlar arasındaki benzerlik ve farklılıkların belirlenmesi amaçlanmıştır. Sinop kıyısında, örnekleme yapılan üç istasyona ait su, alg ve poliket örnekleri için DNA ekstraksiyonu yapılmış, 16S rRNA geninin V4-V5 bölgesi kullanılarak SSCP yöntemiyle tez çalışması gerçekleştirilmiştir. Poliakrilamid jel üzerinde görüntülenen bantların, sekans analizi yapılarak GenBank-BLAST taraması sonucu yüksek benzerlik gösteren bakteri türleri saptanmıştır. Tüm örneklerde ortak olarak tespit edilen filumlar; Bacteriodetes, Proteobacteria ve Firmicutes şeklinde olup su örneklerinde ise bu filumlara ek olarak Cyanobacteria yer almaktadır. BLAST taraması sonucunda en fazla, kültüre alınmamış denizel bakteri klonları (uncultured marine bacterium clone) tespit edilmiştir. Örnekler arasında kommunite yapılarını gözlemek üzere kullanılan UPGMA dendrogramı ve bant profilleri için elde edilen sekans verilerine dayalı oluşturulan filogenetik ağaçlar incelendiğinde; su ve alg örnekleri ile aynı zamanda alg ve poliket örnekleri arasında dikkate değer bir yakınlık tespit edilemediği gözlenmiştir. Örnekleme yapılan üç istasyondan birinde konak-konakçı (alg ve poliket) arasında Bacillus türlerinin varlığı açısından benzerlik olduğu görülmüştür. Ek olarak, BLAST taraması sonucunda, insan ve hayvan patojeni olan bazı türlerle benzerlik gösteren bakteri örneklerine de rastlanmıştır. Bunun dışında, deniz suyu örneklerinin DNA ekstraksiyonu öncesi filtasyon işlemi için kullanılan karbon ve selüloz filtreler kıyaslanmış ve filtrelerin birbirlerine göre çok sayıda bant ve/veya tür tespitine olanak tanıması bakımından herhangi bir avantajı saptanamamıştır. Çevresel örneklerde bulunması muhtemel olan inhibitör maddeler ve SSCP yönteminde optimizasyonların sağlanabilme güçlüğü, bu tez çalışmasında karşılaşılan zorluklardandır. Bu çalışma; denizel mikrobiyotanın, içerisinde bulundurduğu organizmalarla olan kompleks etkileşimlerine katkı sağlamaktadır.