Epigenetic regulation of SLIT-ROBO pathyway in hepatocellular carcinoma

Hepatoselüler karsinoma kemoterapiye dayanıklı, saldırgan ve kötü prognozla seyreden bir kanser türüdür. Bu yüzden HCC'nin ilerlemesinde etkisi olan moleküler bileşenlerinin ortaya çıkarılması sadece teşhis ve takip araçlarının iyileşmesine katkıda bulunmakla kalmayıp, yeni tedavi hedefi olabilecek moleküllerin bulunmasına da olanak sağlayabilir. Daha önce grubumuz tarafından SLIT-ROBO genlerinin hepatoselüler karsinomada farklı ifade örüntülerine sahip oldukları gösterildi. Bu genlerin etkisizleştirilmesinde rol alan mekanizmalarına ait detayları öğrenebilmek için SLIT1, SLIT3, ROBO2 ve ROBO3 genlerinin aşırı metillenme durumlarını 4 adet AFP ifadesi yüksek- iyi farklılaşmış (Huh7, Hep3B, PLC/PRF5 ve HepG2) ve 4 adet AFP ifadesi düşük- az farklılaşmış (SKHep1, FOCUS, Snu387 ve Snu423) karaciğer kanseri hücre hattında araştırdık. İlk olarak, araştırılan bütün genlerin ifadelerini 5-Aza-dC kullanılarak arttırılabileceğini gösterdik. Daha sonra, SLIT- ROBO genlerinin metillenme durumlarını metilasyona özel PCR reaksiyonu ile araştırdık. Araştırılan bütün genlerin en azından kısmi olarak metillenmiş oldukları, buna ek olarak da ROBO3 geninin aşırı metillendiğini gösterdik. in-silico araştıma sonuçları ROBO2 geninin 5' ucunun yukarısında yer alan bölgelerin potansiyel bir CpG adacığı, birinci intron içerisinde bir yükseltici, ve bir promotör bölge içerdiğini ortaya çıkardı. Bu CpG adacığına ait primerler kullanılarak yapılan PCR reaksiyonları bu bölgenin bir gen düzenleyici alan olduğunu destekledi. Dolayısıyla, SLIT- ROBO yolağının metilasyon analizlerinin HCC hastalarında da araştırmak yerinde olacaktır. Bunun yanında aşırı ifade edilen ROBO1'e zıt bir etki gösteren ROBO3 geniyle yapılacak mekanistik çalışmalar ROBO3/ROBO1 ekseninin rolünü aydınlatabilecek ve ROBO3'ün HCC'de bir tümör baskılayıcı gen olma potansiyeline ışık tutabilecektir.