Mechanisms of SSX gene expression regulation at the promoter level

Kanser Testis (KT) antijen genleri spermatogonya, oogonya ve trofoblast haricindeki yetişkin dokularında ifade edilmeyen genlerdir. İfade edilimdeki bu sıkı düzenleme birçok kanser türünde tersine dönerek KT genlerinin yeniden ifade edilmesine yol açar. KT genleri eşgüdümlü olarak ifade edilir ve ifadeleri epigenetik etmenler tarafından düzenlenir. KT genlerinin kanserlerde yeniden ifade edilmesinin altında yatan neden promotor bölgelerinin özel olarak hipometilasyona uğramasıdır. Bu olaya yol açan mekanizmalar bilinmemektedir.Bu tezin asıl amacı KT geni ifadesinin düzenlenmesinde rol alan promotor merkezli mekanizmaları açığa çıkartmaktı. Bu amaçla tipik bir KT geni olan ve çift taraflı bir promotora sahip olduğu bilinen SSX4 geni model olarak seçildi. Bu bağlamda, anlamlı (sense) ve anlamsız (antisense) promotor aktivitelerinden sorumlu en küçük DNA dizilerini karakterize ettik ve 40 baz çiftini kapsayan bir bölgede çift yönlü ve örtüşen bir promotor ortaya çıkardık. Anlamsız promotor aktivitesinin anlamlı promotor aktivitesini nasıl baskıladığını anlayabilmek için, bir vektör yapısında her iki promotor için farklı birer haberci gen kullandık. Ölçülebilen anlamsız promotor aktivitesinin, vektör yapısına anlamlı promotorun aktivitesini ölçen haberci genini eklediğimizde önemli ölçüde azaldığını gözlemledik.Canlı dokularda SSX4 geninin anlamsız promotor aktivitesi, komşu ornitine aminotransferaza benzer yalancı-gen bölgesi üzerinden bir kodlamayan transkript ifade edebilme kapasitesine sahiptir fakat bu transkript ifadesi bu çalışmada onaylanamamıştır. Yazılım karışması ya da küçük çift dizili RNA (dsRNA) oluşumunun SSX4 geni ifadesinin düzenlenmesindeki muhtemel etkileri, bulunan veriler bağlamında ele alınmış ve tartışılmıştır. Ayrıca, DICER geninin bağlı olduğu mekanizmaların KT genleri ifadesinin düzenlenmesine etkisi, DICER geninin azaltarak düzenlendiği deneylerin sonuçları üzerinden tartışılmıştır.