Streptococcus Salivarius subsp. thermophilus'un CRISPR-Cas Tip II sisteminin tespiti ve tanımlaması

Laktik asit bakterileri (LAB), son ürün olarak laktik asit üretimi için karakterize edilen, fermente edici, aside toleranslı bakterilerin bir grubudur. Laktik asit bakterileri Gram pozitif koklar veya çubuklardır; mikro-aerofilik, aside toleranslı, katalaz negatiftir, genellikle sporsuzdur, düşük guanin sitozin (GC) içeriğine sahip hareketsizdir. Starter kültür olarak gıda endüstrisinde sıklıkla kullanılan laktik asit bakterilerinden biri Streptokok cinsi Streptococcus salivarius subsp. thermophilus bakterisi yoğurt üretimi için tarih boyunca başlatıcı kültürün bir parçası olmuştur. Streptococcus salivarius subsp. thermophilus ile yapılan ticari fermantasyonlar, türe özgü faj enfeksiyonuna duyarlıdır. Bu mikroorganizmanın yer aldığı süt fermantasyonu sistemlerinin olası bir virülent fajla kontaminasyonu, ortamda bulunan starter kültürleri parçalayarak ürün kaybına neden olabilmektedir. Bu sebeple Streptococcus salivarius subsp. thermophilus'un bakteriyofaj direncinin oluşumunu ve tespiti amacıyla CRISPR-Cas sistemlerinin tespiti büyük önem taşımaktadır. CRISPR-Cas sistemleri, çoğu prokaryotta doğal bir bağışıklık sistemi görevi görmesinin yanı sıra, yeni geliştirilen genom modifikasyonları ve evrimsel araştırmalarda da bir araç olarak kullanılabilir. Streptococcus salivarius subsp. thermophilus, CRISPR sistemlerinin incelenmesi ve uygulanması için önemli bir model organizmadır. Bu çalışmada, öncelikle referans mikroorganizma olarak seçilen Streptococcus salivarius subsp. thermophilus ATCC 19258 suşunun CRISPR-Cas Tip II-A ve Tip II-C bölgelerine ait Cas9 ve Csn2 genlerinin in silico olarak belirlenmiştir. Daha sonra CRISPR-Cas Tip II-A bölgesine ait Cas9 ve Csn2 genlerine ve Tip II-C bölgesine ait Cas9 genine spesifik primer tasarımı yapılmıştır. Son aşamada ise Hacettepe Üniversitesi Gıda Mühendisliği Bölümü FoodOmics Laboratuvarı Kültür Koleksiyonu'nda bulunan Streptococcus salivarius subsp. thermophilus suşlarının CRISPR-Cas Tip II-A ve Tip II-C bölgelerinin tespiti amacıyla kalitatif qPCR uygulaması yapılarak CRISPR-Cas TİP II sisteminin tespiti ve tanımlaması tamamlanmıştır.