Yabanıl-tip ve mutant candida boidinii nad+-bağımlı formate dehydrogenase enziminin yapısal dinamik çalışmaları

Candida boidinii NAD+-bağımlı format dehidrogenaz (CbFDH), son yıllarda biyoyakıt üretimi için biyosentetik uygulamalarda dikkat çeken, biyoteknolojik olarak paha biçilmez bir enzimdir. Bu enzimin yapı bazlı mutantları, geliştirilmiş katalitik aktivite ve termal stabilite açısından oldukça umut verici sonuçlar vermiştir. Bu çalışmada, bütünsel bir yaklaşım kullanarak, CbFDH katalitik mekanizmasının ve allosterisinin temellerini belirlemek için, NAD+-bağımlı CbFDH'nin X-ışını kristalografik analizini Gaussian Ağ Modeli (GNM) analizi ile birleştirmesi amaçlanmıştır. Ek olarak, mutasyona dayalı yapı tahmin verimliliği için CbFDH enziminin mutant formunun Alphafold2 tahminlerinin verimliliği tartışılmıştır. NAD+- bağımlı CbFDH'nin 1.4 A çözünürlüklü X-ışını kristalografi verileri, bilgisayarlı hesaplama yaklaşımının da yardımıyla enzimin yapısal dinamiklerini ortaya çıkarmıştır. Enzimatik dinamiklerin ve mutasyonların yapı ve fonksiyon üzerindeki etkisinin bu şekilde anlaşılması, gelecekteki biyoteknoloji çalışmaları için yeni bilgiler sağlayabilecektir.