Tanı konulamayan kalıtsal metabolik hastalıklarda tümekzom dizi analizinin katkısı

Kalıtsal Metabolizma Hastalıkları (KMH), biyokimyasal yolaklardaki bozuklukları kapsayan, klinik ve genetik olarak heterojenliği nedeniyle tanısal güçlükleri olan genetik hastalıklardır. En büyük payı, nükleer ve mitokondriyal patojenik varyantlarla ilişkili mitokondriyal hastalıklar oluşturur. DNA dizi teknolojilerindeki gelişmeler tanı güçlüğü olan bu tip hastalıkların genetik etiyolojisinin aydınlatılmasına önemli bir ivme kazandırmıştır. Bu tezin amacı, tanı konulamayan KMH'da görülen klinik fenotiplerin, moleküler etiyolojilerinin aydınlatılmasında, tüm ekzom dizileme (TED) yönteminin katkısını araştırmaktır. Çalışmaya, on dördü mitokondriyal hastalık olmak üzere 20 aileden 26 etkilenmiş olgu dahil edildi. Özgün tasarlanan fragmantasyon tabanlı mtDNA dizileme ve TED analizi için Thermo Scientific™ IonGeneStudio S5 Sistemi ve IonReporter analiz programı kullanıldı. Kültüre edilen kas/kan hücrelerinden transkript çalışmaları yapıldı. On dört farklı aileden, on sekiz etkilenmiş olguda TK2, POLG, EARS2, MICOS13, ECHS1, NDUFAF6, FBXL4, CAPN3, DYSF, ALG8, OXCT1, DHTK2, SMARCAL1 genlerinde on sekiz farklı patojenik/olası patojenik varyant gösterilirken altı ailede genetik etiyoloji aydınlatılamadı. Sanger dizileme yöntemiyle doğrulanan ve aile çalışmaları yapılan bu varyantlardan sekizi, novel veya hastalık ilişkisi daha önce bildirilmeyen çok nadir değişimlerdi; EARS2'de c.1283delC (p.(Pro428Leufs*)) ve c.319C>T(p.Arg107Cys), ALG8'de c.479A>T(p.His160Leu), ECHS1'de c.202G>A (p.Glu68Lys), NDUFAF6'da c.479delA (p.(Asn162Ilefs*27)), OXCT1 c.1370C>T (p.Thr457Ile), c.1173-139G>T SMARCAL1'de c.1027_1034delTTCGAGGC (p.(F343Rfs*13)) idi. Olguların klinik, radyolojik, biyokimyasal ve histopatolojik sonuçları gen ve varyant ilişkilerini destekledi. TED analizi ile tüm aileler için %65, mitokondrial grup için %50 oranında moleküler genetik tanı sağlandı. Tüm ailelere prenatal/preimplantasyon genetik tanı olanaklarını içeren kapsamlı genetik danışma verildi. TK2 eksikliği olan iki olgu ilaca erken erişim programına yönlendirildi. Tanı konulamayan altı ailede ise gelecek projeler dahilinde tüm genom dizi analizi yapılması planlandı.