TGFβ1 geninin non-sinonim tek nükleotid polimorfizmlerinin sanal fonksiyonel profili

TGF-β sinyal yolağındaki mekanizmalar, birçok patolojik durumda önemli roller üstlenebilir. Enfeksiyon hastalıkları, inflamatuvar hastalıklar, fibrotik hastalıklar, anormal yara iyileşmesi, gelişimsel bozukluk, tümörler gibi birçok hastalığın oluşmasına neden olabilir. Bu tez çalışmasında, TGFβ1 geninin üzerindeki patojenik olan nsSNP'lerinin in siliko araçlarla çıkarılıp yapısal ve fonksiyonel analizlerini hesaplamalı yaklaşımlar ile gerçekleştirerek protein yapısı, fonksiyonu ve hastalık ilişkisi üzerindeki etkilerine bakılması amaçlanmıştır. Yapılan bu tez çalışmasında TGFβ1 geni nsSNP'leri ClinVar veritabanından elde edilip in siliko araçlarla (SIFT, PROVEAN, PolyPhen-2, Fathmm-xf, SNP&GO) patojenitesi en yüksek varyantlar eşik değere bakılarak V339D, P363R, C387G, H312Y, L298P, R50C, M382T, L260P, Y328C, I49S, C387S belirlenmiştir. Bu 11 varyant ConSurf analiziyle protein üzerindeki korunmuşluk skorları incelenip en korunmuş bölgede yer alan I49S, R50C, L298P, H312Y, Y328C, P363R, M382T, C387G, C387S varyantları belirlenmiştir. ERIS protein stabilite analizleri sonucunda C387G, C387S, I49S, V339D, L260P, L298P, M382T, R50C varyantlarının protein stabilitesini bozduğu belirlenmiştir. HOPE analizi sonucunda 11 varyantın boyutlarında, akımlarında ve hidrofobiklik durumlarında değişim gözlenmiştir. MutPred-2 analizinde belirlenen 11 varyantın hepsinde biyokimyasal olarak kayıplar ve kazanımlar olmuştur. I-TASSER sonuçlarında her nsSNP varyant için en yüksek C-skoruna sahip varyant L260P (-0.31) seçilmiştir