Toprak bakterilerinin PGPR özelliklerinin araştırılmasında PCR temelli moleküler tekniklerin uygulanması

Bu çalışmada, Erzurum ve çevresindeki zirai alanlardan rizosferik toprak örnekleri toplanmış ve aseptik koşullarda laboratuvar ortamına taşınmıştır. Bu örneklerden saf bakteriyel izolatlar elde edilerek saflaştırılmış ve bunların arasından azot fiksasyonu, fosfat çözme ve IAA üretme bakımından PGPR özelliği gösterenler konvensiyonel yöntemler kullanılarak seçilmiştir. Aktif izolatların tanılanmasında klasik mikroskobik incelemeler ve moleküler teknikler kullanılmıştır. İzolatların moleküler identifikasyonu evrensel 16S rRNA gen bölgesine spesifik primerlerinin kullanıldığı PCR uygulaması, amplikonların sekans analizleri ve NCBI veri tabanında BLAST analizi ile yapılmıştır. Daha sonra bu aktif izolatlar bu özelliklerin araştırılmasında kullanılabilecek PCR temelli moleküler tekniklerin uygulanması için kullanılmıştır. Yapılan çalışmalar sonucunda PGPR özelliği tespit edilen 34 aktif izolat belirlenmiş ve moleküler tanıları yapılmıştır. Ayrıca bu izolatların kullanılmasıyla azot fiksasyonu ile ilişkili nif, fosfat çözündürme ile ilişkili pqq ve IAA üretimi ile ilişkili ipdc gen bölgeleri için spesifik yeni primer çiftleri tasarlanmıştır.