Trabzon Fatih Devlet Hastanesinde izole edilen Acinetobacter baumannii suşunun tüm genom analizine dayalı karakterizasyonu

Acinetobacter baumannii önemli bir nozokomiyal patojendir ve insan sağlığı için büyük bir sorun teşkil etmektedir. Antibiyotiğe dirençli olan bu bakterinin genomunun analizi önem arz etmektedir. Çalışmamızda Trabzon Fatih Devlet Hastanesinde izole edilen Acinetobacter baumannii A24 suşunun tüm genom analizine dayalı karakterizasyonu yapıldı. İzolat imipenem, meropenem, siprofloksasin, levofloksasin ve trimetoprim/sülfametoksazola karşı dirençliyken amikasin, gentamisin, tobramisin ve kolistin antibiyotiklerine karşı ise duyarlıdır. Tüm genom analizi için izole edilen genomun DNA konsantrasyonu 270,9 ng/ul, saflığı 1,87 olarak bulundu. Biyoinformatik analizlerde 4,978,982 ham okuma, 4,972,661 temiz okuma, etkinlik oranı %99,87, hata oranı %0,03, GC oranı %39,10 olarak tespit edildi. Bakteriye ait genomun nükleotid dizisi GenBank' a girildi ve Genbank aksesyon numarası CP051262 olarak alındı. AdeFGH efluks pompası, Bap, Csu fimbria, PNAG, Fosfolipaz C, Fosfolipaz D, dış zar proteini, kapsül, LPS, asinetobaktin, Hem porfirini kullanma, iki bileşenli sistem, BfmRS, penisilin bağlayan protein, katA, manganez transport sistemi, metiyonin sülfoksit redüktaz, RecN virülans faktörleri tespit edildi. MLST analizi sonucu, Acinetobacter baumannii #1 ve Acinetobacter baumannii #2 MLST şemasına göre sırasıyla sekans tipleri 218 ve 2 olarak tespit edildi. Ayrıca, PubMLST veritabanı kullanılarak izolatın sekans tipi 218 olarak belirlendi. PlasmidFinder 2.1 analizine göre izolatta plazmit bulunamadı. ISFinder programı aracılığıyla ISAba1, ISAba33, ISA1006, ISAba52, IS1007 insersiyon dizileri bulundu. ResFinder 3.2 ve CLC genomik kullanılarak; blaOXA-66, blaOXA-23 kısmi, blaTEM-1, blaADC-73, GNAT asetiltransferaz, Aminoglikozit fosfotransferaz'dan 2 tane, aac-3-IIa, aac-(6')-Ian, ant (3'')-II, aph-(3'')-II, aph (3'')-Ib, aph (6)-I family-o transferaz olmak üzere 13 antibiyotik direnç geni tespit edildi. BRIG uygulamasından elde edilen A24 ve referans genom arasındaki karşılaştırma da referans genom ile benzerliğin oldukça yüksek olduğu görüldü. PHAST analizi sonucunda genomda 28,6 kb ve 17,3 kb profaj bölgesi bulundu. Acinetobacter baumannii A24 suşunda tespit edilen ADC-73'ün amino asit dizisi ADC-1, ADC-7, ADC-68, ampC, MOX-1 ve FOX-4' e ait amino asit dizileri ile jalview kullanılarak karşılaştırıldı. Enzimin katalitik rezidüleri olan Ser66, Lys69 ve Try152 yedi farklı β-laktamazda da korunduğu görüldü. PSIPRED4.0 aracılığı ile Acinetobacter baumannii ADC-73 tahmini ikincil yapı haritası oluşturuldu. Haritaya göre 11 alfa sarmal ve 9 beta tabaka ikincil yapıları bulunduğu görüldü. MODELLER programı ile ADC-73'ün 3D boyutlu yapısı oluşturuldu. Oluşturulan yapı teorik olduğu için yapının validasyonu ve iyileştirilmesi için web tabanlı yapı değerlendirme programları kullanıldı. Programlardan elde edilen sonuçlar baz alındığında oluşturulan homoloji modelin güvenilir ve yapısal olarak doğal yapılara benzediği sonucu ortaya çıktı. Bu yüksek lisans tez çalışmasında, Acinetobacter baumannii ST218 izolatının tam genomu rapor edildi. Genomik analiz, genomda aminoglikozid, β-laktam ve sülfonamid antibiyotiklerine direnç sağlayan genlerin varlığını gösterdi. Ayrıca bu suşta bulunan ADC-73 β-laktamazının iki boyutlu ve üç boyutlu yapısı aydınlatıldı.