Meme kanserinde kromozom 1q bölgesinin transkripsiyon faktörü aracılı gen regülasyonu

Meme kanseri, kadınlarda en sık görülen kanser türü olmakla birlikte dünyada kansere bağlı ölümlerin beşinci nedenidir. Meme kanserlerinin yaklaşık %80'i, DNA ile doğrudan etkileşime östrojen yanıt elemanları (ERE) veya başka transkripsiyon faktörleri (TF) sayesinde giren diziye özgü transkripsiyon faktörü olan östrojen reseptör α (ERα) pozitiftir. Forkhead Box A1 (FOXA1) ve GATA Binding Protein 3 (GATA3), ERα bağlanmasını düzenleyen başlıca transkripsiyon faktörlerinden ikisidir ve bunların anormal ekspresyonu, özellikle luminal A moleküler alt tipi meme kanseri ile ilişkilidir. Kopya Sayısı Varyantı (CNV), insan genomunda meydana gelen yapısal bir varyanttır ve meme kanseri hücrelerinde en çok değişen bölgelerden birinin 1. kromozom olduğu daha önce gösterilmiştir. Buna bağlı olarak, meme kanserlerinin %70'inden fazlası 1. kromozomun q kolunda kopya sayısı farklılığı (artışı) gösterir. Bu çalışmada, ERα-GATA3-FOXA1 cistromunun kromozom 1q kopya sayısı artışı ile ilişkisi ve buna bağlı olabilecek muhtemel gen regülasyonu değişikliklerinin araştırılması amaçlanmıştır. Bu doğrultuda, kromatin immünopresipitasyon dizileme (ChIP-seq) analizi ile belirlenen ERα, FOXA1 ve GATA3 bağlanma bölgeleri, RNA dizileme (RNA-seq) analizi ile elde edilen MCF7, T47D ve ZR75-1 hücre hatlarındaki gen ekspresyonu verileri ve Cancer Cell Line Encyclopedia (CCLE) ' dan elde edilen kopya sayısı varyant verileri kullanılmıştır. Hedeflenen TF'lerin doğrudan ve dolaylı bağlanma bölgelerinin yanı sıra hücre hatları arasındaki örtüşen bağlanma bölgelerinin elde edilmesinden sonra, kromozom 1q da belirgin bağlanma gösteren sitobandlar belirlenmiştir. Bu genomik bölgelerin fonksiyonlarını farklı bağlamlarda hedeflemek için CRISPR/Cas9 kütüphaneleri oluşturulmuştur. Belirli sitobandlara odaklanan ChIP-seq ve RNA-seq verisi arasındaki ilişkisinin araştırılması, daha ileri çalışmalar için umut verici adaylar olabilecek yukarı regüle edilmiş genleri ortaya çıkarmıştır.