Transcriptional impact of TGFβ on epithelial-mesenchymal transition

Epitelel-Mezenkimal dönüşüm (EMT), epitel bir hücrenin mezenkimal bir fenotip kazanarak dönüşümüne neden olduğu bir süreçtir. Bu olay transkripsiyon faktörlerinin aktivasyonu ile gerçekleşir. Organogenez, embriyonik gelişim ve tümör hücrelerinin metastazı sırasında, hücreler EMT ve MET süreçleri yoluyla epitelyal veya mezenkimal durumlara farklılaşır. Dönüştürücü Büyüme Faktörü Beta (TGFβ) ve sinyal yolağı, EMT'nin en önemli uyarıcısıdır. TGFβ, kanser ilerlemesinde tümör baskılayıcı ve metastatik ajan olarak önemli bir rol oynar. Embriyonik gelişimden homeostaza kadar, TGFβ ve sinyal yolağının diğer regülatörleri çok önemlidir. TGFβ'nin bu süreçlerde görevli TGFβ1, TGFβ2 ve TGFβ3 olmak üzere üç izoformu vardır. Bu araştırma çeşitli biyoinformatik analizler, R programlama dili ve GSEA ve GO analizi gibi araçlar kullanılarak gerçekleştirildi. Analizde TGFβ1, TGFβ2 ve TGFβ3 izoformlarıyla muamele edilmiş insan ve fare hücrelerinin kullanıldığı genel veri kümeleri kullanılarak sonuçlar elde edildi. Tezin hipotezi doğrultusundaki bu analiz sonuçlarıyla, TGFβ izoformları arasında transkripsiyonel düzeyde, gen setleri, kanser tipleri, mutasyonlar, yolaklar ve moleküler fonksiyonlarda önemli farklılıklar tespit edildi. Araştırmanın bu sonuçları, TGFβ ve EMT alanındaki gelecek araştırmaları aydınlatma ve özellikle kanser tanı ve tedavisinde yeni terapötik bakış açıları geliştirilmesine önemli katkılar sağlayacaktır. Anahtar Kelimeler: EMT, MET, TGFβ, Diferansiyal ekspresyon analizi.