Tunceli ilindeki alabalıklarda Aeromonas türlerinin MALDI-TOF MS yöntemiyle identifikasyonu

Aeromonas cinsi, son 20 yılda bir dizi taksonomik ve terminoloji revizyonlarından geçmiştir ve sürekli olarak yeni (alt) türler ve biyogruplar tanımlanmıştır.Aeromonas cinsi, çoğunlukla fırsatçı mikroorganizmalar olarak işlev gören otuzdan fazla Gram-negatif bakteri türünü içerir.Bu bakteriler, balık ve kabuklular gibi hayvanlardan kolayca izole edildikleri çeşitli su ekosistemlerinde doğal olarak dağılmıştır.Biyokimyasal karakterizasyon gibi standart tanımlama yöntemlerinin eksiklikleri vardır ve taksonomik konumun netleştirilmesine izin vermez.Bu çalışma, klinik ve çevresel Aeromonas izolatlarının hızlı bir şekilde tanımlanması için bir matris destekli lazer desorpsiyon/iyonizasyon-uçuş süresi kütle spektrometresi (MALDI-TOF MS) tanımlama veri tabanının geliştirilmesini açıklamaktadır. Bu çalışmada Nisan, Mayıs, Aralık, Ocak aylarında Tunceli ili Mazgirt, Ovacık, Çemişgezek ve Pertek ilçelerinde ağ kafesler ve beton havuzlarda bulunan 16 tesisten temin edilen 200 adet Gökkuşağı alabalığının karaciğer, bağırsak, dalak ve böbreklerinden alınan doku örnekleri, 64 adet su numunesi analiz edilmiştir. Bu çalışmanın amacı, Tunceli ilindeki tatlı su balık çiftliklerinde Aeromonas türlerinin prevalansını ve prevalansını etkileyen faktörleri belirlemektir.Ayrıca Aeromonas'ın tür sınıf tayini için kullanılan MALDI-TOF MS, 16S rDNA dizileme ve housekeeping gen dizileme (gyrB) gibi farklı yöntemlerin karşılaştırılması amaçlanmıştır.Geleneksel yöntemle izole edilen 526 şüpheli izolatın MALDI TOF-MS ile analizi sonucunda; Basillaceae, Comamonadaceae, Enterobacteriaceae, Enterococcaceae, Erwiniaceae, Moraxellaceae, Nocardiaceae, Pseudomonadaceae, Sthaphylococcaceae, Streptococcaceae, Xanthomonadaceaea, Yersiniaceae ve Aeromonadaceae olmak üzere 13 familyaya ait 526 bakteri tanımlanmıştır.Tunceli ili Mazgirt, Ovacık, Çemişgezek ve Pertek ilçelerinde ağ kafeslerde ve beton göletlerde yetiştirilen dört ilçedeki 16 çiftlikte yapılan kesitsel çalışmada, Aeromonas'ın 5 türü 16S rDNA ve gyrB sekanslama ile teşhis edildi.Balık çiftliklerinde beş Aeromonas türü daha yaygındı, A. sobria %47,52) en yüksekti, bunu A. veronii (%26,95), A. media (%12,06) ve A. hydrophila (%7,80) izledi. Daha az yaygın olan tür ise A. salmonicida (%5,67) idi. Aeromonas türlerinin prevalansında mekansal varyasyon gözlendi. Çalışmamızda, Aeromonas türü olarak identifiye edilen 141 adet izolatın MALDI-TOF MS sonucunun doğruluk saptama oranı, cins düzeyinde tanımlamada %100 (141 izolat) ve tür düzeyinde tanımlamada %92,2 (130 izolat) olduğu tespit edildi.MALDI-TOF MS yönteminin moleküler analizlerde doğru ve hızlı sonuç vermesi nedeniyle kullanılması önerilmektedir. Ancak, Aeromonas cinsinin filogenetik çalışmalarında türler arasında ayrım yapmak için daha yüksek kapasite göstermeleri nedeniyle tür düzeyinde tanımlamada ayrım yapılamadığı noktada 16S rDNA ve gyrB gen dizileme yöntemlerinin daha güvenilir yöntemlerolduğu kanısına varılmıştır. Ülkemizde, Yukarı Fırat havzasında ve Tunceli ilinde gökkuşağı alabalıklarında MALDI-TOF MS yöntemiyle Aeromonas türlerinin tanımlanmasına yönelik yapılan bu çalışma, konusu itibariyle öncü çalışmalardan biri olma niteliğini taşımaktadır.Çalışmamız bu alanda ileride yapılacak araştırmalar için yol gösterici olacaktır.Bu, tatlı su balık çiftliklerinde Aeromonas türlerinin prevalansını belirleyen ve prevalansını etkileyen faktörleri belirleyen ilk çalışmadır.Bu bilgi, balıklardaki Aeromonas enfeksiyonunun ve bunların halk sağlığı üzerindeki risklerinin yönetilmesinde faydalı olacaktır.