Tunceli ilindeki alabalıklarda plazmit kaynaklı kolistin direnç genlerinin multipleks polimeraz zincir reaksiyonu ile saptanması

Antimikrobiyal direnç (AMR) küresel bir sağlık sorunudur. Su ekosistemleri AMR`nin yayılmasında ideal bir ortam sağlayabilir. Balık çiftliklerinde terapötik ajanlar olarak yeme ilave edilen antimikrobiyaller su içerisine eklenmektedir. Antibiyotik kalıntıları aquatik ortamlarda kalmakta ve bu atık sular akarsulara karışarak üretim tesislerine taşınabilmekte ve direnç genleri o ortamda bulunan bakterilere aktarılabilmektedir. Yapılan araştırmalara göre Türkiye'de su ürünlerinin antimikrobiyal dirençliliğinin belirlenmesi konusunda yeterli bir çalışma olmamakla birlikte yapılan çalışmalarda sınırlıdır. Bu çalışmada; Tunceli ili Pertek, Çemişgezek, Ovacık, Mazgirt ilçelerindeki ağ kafes ve beton havuzlarda Gökkuşağı alabalığı yetiştiriciliği yapılan 16 tesisden Haziran, Temmuz, Aralık ayları süresince temin edilen 200 adet yavru veya ergin Gökkuşağı alabalıklarının bağırsak, deri ve solungaç kısımlarından alınan 600 adet numune ve 64 adet su örneğinden konvansiyonel yöntemlerle bakteri izolasyonu ve bakterilerin Matriks Aracılı Lazer Desorbsiyon İyonizasyon-Uçuş Zamanlı-Kütle Spektrometresi (MALDI-TOF MS) analiziyle identifikasyonunu gerçekleştirilmesi, identifiye edilen enterobacteria familyasına ait bakterileri türlerinden ekstrakte edilmiş DNA kullanılarak multipleks PZR yöntemiyle mcr gen varlığınının ortaya konulması, bu familyaya ait bakteri izolatlarının kolistin minimum inhibitör (MİK) konsantrasyonununun sıvı mikrodilüsyon ve antimikrobiyal duyarlılıklarının Kirby-Bauer disk difüzyon yöntemleriyle tespit edilmesi amaçlanmıştır. Bu çalışmada; MALDI-TOF MS analiziyle Moraxellaceae, Enterococcaceae, Vibrionaceae, Comamonadaceae, Pseudomonas, Staphylococcaceae, Pseudomonadaceae ve Enterobacteriaceae olmak üzere 8 bakteri familyasına ait ağ kafeslerden 290 (% 59,67), beton havuzlardan ise 196 (% 40,33) olmak üzere toplamda 486 adet bakteri identifikasyonu gerçekleştirildi. 114 adet numunede ise bakteri üremesi görülmedi. Multipleks PZR metoduyla enterobacteria familyasına ait bakterilerde mcr geni tespit edilemedi. MİK konsantrasyonu sıvı mikrodilüsyon testi sonucunda MİK değerinin 2'den küçük olarak bulunmasıyla kolistin duyarlılığı ortaya konuldu. Kirby-Bauer disk difüzyon yöntemiyle belirlenen antimikrobiyal duyarlıklar sonucunda enterobacteria familyasına ait izolatların kinolon grubu antibiyotiklere karşı direnç geliştirdikleri saptandı. Ülkemizde ve Doğu Anadolu havzasında E. coli, Enterobacter ve Salmonella türlerini içeren enterobacterales'lerde kolistin direnç gen varlığının ilk olarak belirlenmeye çalışılacak olması projenin özgün yönünü ortaya koymaktadır. Konvansiyonel ve moleküler tanımlama yöntemleri ile kıyaslanacak olursa MALDI-TOF MS örnek başı maliyeti ve tanımlama için geçen süre yönünden çok daha etkin görülmektedir. Özellikle enterobacteria familyasına ait bakterilerin tiplendirilmesinde % 100 sonuç alınabilen MALDI-TOF MS analizi moleküler çalışmalarda öne çıkmıştır. Tunceli ilinin Mazgirt, Çemişgezek, Ovacık ve Pertek ilçelerindeki gökkuşağı alabalığı yetiştiriciliği yapılan işletmeleri kapsayan çalışmamızda plazmid aracılı kolistin direnç potansiyelini ve tehlikesini ortaya koyarak ülkemizin antimikrobiyal direnç önleme stratejilerine katkı sağlanacaktır. Anahtar kelimeler: Antimikrobiyal dirençlilik, Escherichia coli, Kolistin, Multipleks PZR, MALDI-TOF MS Analizi