Characterization of the fine-scale genetic structure of the Turkish population

Toplum bazlı genetik kaynaklarının oluşturulması, insan biyolojisi ve hastalığının araştırılmasında çok önemli bir rol oynar. Bu çalışmada, Türkiye'den akraba olmayan 3.362 bireyin tam ekzom (TED, n = 2.589) ve tam genom (TGD, n = 773) dizileri kullanılarak Türk (TR) popülasyonunun ince ölçekli genetik yapısı karakterize edildi. Anadolu'nun tarihi ile uyumlu olarak, TR alt bölgelerinde Balkan, Kafkaslar, Orta Doğu ve Avrupa'dan önemli seviyelerde genetik karışım tespit edildi. Toplum yapısı analizlerinin sonuçları, TR ve Avrupa toplumlarının önceden tahmin edilenden daha yakın bir genetik ilişkiye sahip olduğunu gösterdi. Akraba çiftleşme katsayısı hesaplamalar ve homozigotluk serilerinin analizi, yüksek akraba evliliği oranının TR genomu üzerindeki benzersiz etkilerini yansıttı. Bu çalışmada üretilen veriler kullanılarak 40 milyondan fazla varyantı içeren bir TR Variome oluşturuldu. Türev alel frekans (TAF) hesaplamaları, çok nadir frekans aralığındaki (TAF <0.005) TR-TED varyantlarının %28'inin ve TR-TGD varyantlarının %49'unun Genome Aggregation Database'de listelenmediğini ortaya koydu. TR Variome'daki klinik etkisi olan varyantların ve insan gen nakavtlarının listeleri de bu çalışmada sunuldu ve bu listeler, TR Variome'un gelecekte gerçekleştirilecek hastalık geni tanımlama çalışmaları için paha biçilmez bir kaynak olma potansiyelini ortaya koydu. Ayrıca, TR-TGD verileri kullanılarak genotip atama için bir referans paneli oluşturuldu. Bu panel hem TR hem de komşu toplumlarda atama doğruluğunu önemli ölçüde arttırdığından, muhtemelen bu toplumlarda genom çapında ilişkilendirme çalışmalarını kolaylaştıracaktır. Çalışmanın ikinci bölümünde, bir fenotiple ilişkili Online Inheritance in Men (OMIM) genlerinde yer alan, daha önce bildirilen patojenik (BP) varyantlar ve öngörülen patojenik (ÖP) varyantlar için toplam 3.599 akraba olmayan TR bireyinin dizileme verileri değerlendirildi. Analizler, TR halkının en az %70'inin en az bir BP varyantına sahip olduğunu ve tüm bireylerin genomlarında en az bir BP ve/veya ÖP varyant taşıdığını ortaya koydu. Ayrıca bireylerin %25'i yeni doğan tarama genlerinde en az 1 BP varyant taşıyordu. Ek olarak, çalışmadaki her bireyin, American College of Medical Genetics tarafından önerilen, eyleme geçilebilir 73 genden birinde bir BP varyant taşıma sansi en az 17'de 1'di. ABCA4, CYP21A2, PAH ve CFTR, sorumlu oldukları fenotiplerin yüksek prevalans ile tutarlı olarak en yüksek kümülatif taşıyıcı frekanslarını (TF) sergiledi. Bu çalışmada, BP ve ÖP varyantlar kullanılarak hesaplanan 3.251 OMIM genindeki TF ve genetik prevalans ile TR toplumundaki genetik hastalıkları tasvir eden şimdiye kadarki en kapsamlı veriler sunuldu.