Üropatojenik esherichia coli izolatlarında bazı virülans genlerinin biyofilm ile ilişkisinin pzr yöntemiyle araştırılması

Amaç: Bu çalışmada üropatojen Escherichia coli (E. coli) izolatlarında bazı virülans genlerinin varlığının polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) yöntemiyle araştırılması ve bu izolatların fenotipik biyofilm üretiminin belirlenmesi amaçlanmıştır. Yöntem: Çalışmamızda antibiyotik duyarlılık testleri için otomatize sistem ve disk difüzyon yöntemi kullanılmıştır. Aynı hastadan alınan idrar örneklerinden üretilen izolatların moleküler benzerlikleri PZR temelli yöntemler ile araştırılmıştır. Çalışmamızdaki suşlarla tekrarlayan İYE etkeni (tİYE) ve tekrarlamayan İYE etkeni (tmİYE) grupları oluşturulmuştur. Suşların filogenetik sınıflandırması ve fimH, papC, sfa, csgA, csgD, afa, flu, bcsA, pgaA, pgaC, fliCH4 ve fliCH7 genlerinin varlığı PZR yöntemi ile araştırılmıştır. pgaA ve bcsA genlerinin ekspresyon düzeyi, mRNA miktarı gerçek zamanlı PZR (RT-PCR) yöntemiyle ölçülerek belirlenmiştir. Suşların fenotipik biyofilm üretimi hem Kongo kırmızılı agar (KKA) kullanılarak hem de mikrotitre plak yöntemi (MPY) ile belirlenmiştir. Bulgular ve Sonuç: Çalışmamızda tİYE grubunda 54, tmİYE grubunda 54 olmak üzere 108 suş yer almıştır. Seftriakson (CRO), sefiksim (CFM), siprofloksasin (CIP), levofloksasin (LEV) direnci ve genişlemiş spektrumlu beta laktamaz (GSBL) üretimi ile İYE'lerin tekrarlaması arasında pozitif korelasyon tespit edilmiştir (p< 0.05). Her iki grupta da suşların çoğunluğu filogrup B2'de, ikinci sırada ise filogrup D'de yer almıştır. Virülans genlerinden fimH, csgA ve csgD tüm suşlarda pozitif bulunmuş, iki grupta da prevalansı en düşük gen afa olarak saptanmıştır. bcsA ve pgaC genlerinin prevalası tİYE grubunda, pgaA geninin ekspresyon düzeyi tmİYE grubunda daha yüksek bulunmuştur (p< 0.05). Her iki grupta da suşların çoğunun KKA yöntemiyle biyofilm ürettiği, MPY ile ise düşük düzeyde biyofilm üreticisi olduğu belirlenmiştir. İki grup arasında biyofilm üretimi arasında anlamlı fark bulunmamıştır.