In silico conformational analysis of vancomycin and its complexes

Vankomisin gram-pozitif bakterilerin sebep olduğu enfeksiyonların tedavisinde kullanılan glikopeptid yapıda bir antibiyotiktir. Vankomisin ve diğer ilgili glikopeptid antibiyotikler, antibiyotiklere karşı direnç geliştiren bakterilere karşı savunmanın son adımını oluşturdukları için kliniksel olarak çok önemlidirler. Vankomisin kullanımı damardan kullanıma ait toksisite, nefrotoksisite, ve muhtemel ototoksisite gibi bir dizi yan etkiyi de beraberinde getirmekteydi. Bu sebeple vankomisini vücuda tanıtmanın yeni yollarını bulmak araştırmacıların ilgilerinden biri haline geldi. Bu çalışmada değişik şartlarda vankomisin ilacının konformasyonel analizinin yapılması hedeflenmiştir. Sıcaklık, çevreleyici ortam, iyonik durum ve molekül sayısı etkisi dönme yarıçapı bakımından incelendi. DEğişiklikler arasındaki farkların istatistiksel önemi t-test ile incelendi. Hidrojen bağlarının oluşumu ve su moleküllerinin vankomisinin amino ve karboksil terminalleri etrafındaki dizilimi ikili çapsal dağılım fonksiyonu ile incelendi. Yeni bir metot olarak vankomisinin vücuda ilaç taşıyıcı olarak levan biyopolimeri içerisinde verilmesi moleküler dinamik simulasyonları ile çalışıldı. Bu çalışmalarda vakum ortamı enkapsulasyon işlemini simule etmek için kullanıldı. Salınım mekanizmasını gözlemlemek için enkapsüle olmuş yapılar su ortamında simule edildi ve moleküler dinamiğin bu tip incelemeler için uygun bir metot olduğu görüldü.