VISIBIOweb: A web-based visualization and layout service for biological pathways

Biyolojik yolaklar, canlı bir hücre içersinde moleküller arasında gerçekleşen biyolojik tepkimeleri temsil ederler. Günümüzde genel ağdan erişilebilen biyolojik yolak verisi içeren veri tabanlarının sayısı yüzler mertebesindedir. Bu verilerin değişimi, ele alınması ve saklanması, gerek anlaşılabilirlik gerekse de toplananverilerin arttırılması açısından oldukça önemlidir. Bu gereksinimlerin bir sonucu olarak, toplanan verilerin anlamlı ve mantıklı bir düzende gruplanabilmesi için birçok biyolojik model geliştirilmiştir.Verilerin miktarı ve karmaşıklığı arttıça yolakların görsellenmesi kaçınılmaz bir ihtiyaç olmuştur. Çizgeler, yolakların modellenmesinde doğal olarak uygundurlar. Yolakların dinamik olarak görsel temsillerinin oluşturulması için çizge görselleme alanından yöntemler gerekmektedir. Sonuç olarak yolak verisini çizge biçiminde yorumlayarak görselleyen yazılım araçları ortaya çıkmıştır. Ne var ki, bu araçların birçoğu biyolojik modelin karmaşıklığının düzgün ele alınamaması, görselleme standardizasyonu eksikliği veya uzun yükleme adımlarının bulunması gibi nedenlerden ötürü yetersiz bulunmaktadır.Bu tez çalışmasında, açık kaynak kodlu olan ve BioPAX formatında saklanmış yolak modellerinin web tabanlı olarak görsellenmesi servisi veren VISIBIOweb geliştirilmiştir. Java prgoramlama dilinde Eclipse GEF kütüphanesi üzerine geliştirilen VISIBIOweb Apache Tomcat sunucusunda çalışmaktadır. Kullanıcı tarafında, sunucuda oluşturulan modelin görsellenmesi için Google Maps API kullanılmaktadır.VISIBIOweb yakınlaştırma, kaydırma ve çizge nesnelerini seçme gibi temel çizge görüntüleme özelliklerini desteklemektedir. Kullanıcılara, seçilen çizge özelliklerini listeleyen inceleme penceresi sağlanmıştır. Yüklenilen biyolojik model için oluşturulan görüntü sabit resim olarak kaydedilebilmektedir. Biyoljik modellerin görüntüleri tıpkı Google haritaları gibi saklanılarak başka web sayfalarının içerilerine konulabilmektedir. Oluşturulan çiizgenin mizanpaj bilgisi kullanıcılara XML formatında bir dosya ile sunulmaktadır. Böyle bir formatın geliştirilmesi, BioPAX formatı için resmi bir mizanpaj ilavesi geliştirme açısından iyi bir başlangıç noktasıdır.